В 60-е годы он усиленно занимается над исследованиями фотосинтетической деятельностью растений в связи с условиями выращивания. Этой теме он посвятил серию научных докладов и статей, основу которых составили положения и выводы, полученные в течение 15 лет экспериментальных работ и теоретических изысканий. Новое направление привлекало уже тем, что фотосинтез по существу был основным источником первичного синтеза органических веществ и главным фактором биогеохимических циклов в биосфере. Доказано, что в результате фотосинтеза на земле образуется около 140-1560 млрд. тонн СО2 и выделению 180-200 млрд тонн. В продуктах фотосинтеза ежегодно аккумулируется солнечная энергия равная 6 x 10 17 ккал. Запасенные в продуктах фотосинтез – основной источник энергии для человечества. Благодаря фотосинтетической деятельности первых зеленых организмов в первичной атмосфере земли появился кислород, возник озоновый экран, создались условия для биологической революции. Этой теме Дж. Алиев посвятил докторскую диссертацию «Фотосинтетическая деятельность, минеральное питание и продуктивность растений», которую успешно защитил в 1971 году. Труд ученого вышел в свет в виде отдельной монографии, имевший научно-теоретическое и практическое значение.
Ученый без практики, что пчела без меда. И Дж. Алиев хорошо понимал неразрывную связь теории и практики. Под его руководством коллектив лаборатории института земледелия, начиная с 70-х годов, разрабатывает физиологогенетические основы продуктивности растений, которые помогли раскрыть потенциальные возможности сельхозкультур Азербайджана. В этих целях в лаборатории создается ценнейший генофонд пшеницы по фотосинтетическим признакам. При этом широко была использованы коллекции опорного пункта Всесоюзного института растениеводства – Араблинки, что неподалеку от Дербента. Генофонд обогатился генотипами пшеницы, привезенными Дж. Алиевым в 1981 году из международного центра по улучшению сортов пшеницы и кукурузы в Мексике.
Для реализации новых идей и научной комплексной программы нужен был высококвалифицированный коллектив. И Дж. Алиев, работая в институте Ботаники Академии наук и в институте земледелия, занялся подготовкой научных кадров, привлекая выпускников вузов республики. Сознавая, что наука успешно развивается на стыке научных дисциплин, он привлек химиков, физиков, математиков, которые повысили свой теоретический уровень в крупнейших научных центрах бывшего Союза. Благодаря этому впервые в республике было положено начало применения математических методов и компьютерной техники при решении теоретических и практических вопросов биологии и сельскохозяйственной науки. Ныне некоторые из них успешно работают в научных центрах Германии, Японии, Франции, Голландии, США,Канаде.
Когда человек отдает все лучшее, что у него есть, это всегда много стоит. Дж. Алиев отдал ученикам все, что имела душа и богатый опыт, глубокие знания. По его инициативе и содействию подготовлено около 250 кандидатов и докторов наук. Сам он воспитал более 50 молодых ученых, ставших впоследствии кандидатами и докторами наук.
В начале 80-х по его инициативе в Пиршаги начали строить селекционный комплекс с фитотронами и теплицами, который был введен в эксплуатацию в 1986 году. Он нужен был для выращивания растений в искусственно регулируемых условиях, а также изучения как влияет на них температура, освещенность, влажность и другие факторы. Здесь можно было получить несколько урожаев в год и ускорять селекционные процессы. В строительстве комплекса Дж Алиев вложил частицу своей души, окружив себя заботами и неугомонными хлопотами. Вкупе они составляли стержень его комплексной программы.
Ученый и коллектив, что называется, были у цели, когда в перестроечный 1988 год по заданию имперского Центра и его сателлитов в Баку нагрянула комиссия в Пиршаги в поисках «жареных» фактов, чтобы свести счеты с братом опального в то время Гейдара Алиева. Как ни старались прислужники, так называемой ударной группы, криминала обнаружить не удалось ни в строительстве фитотронов, ни в работе института земледелия. На основе наспех подготовленной справки коллегия Министерства сельского хозяйства отстранила от должности его директора Асада Мусаева, назначив на его место Спартака Алиева, который не мог отличить семян ячменя от пшеницы. Обрушив шквал клеветнических измышлений на Дж. Алиева сторонники А.Везирова парализовали работу научного коллектива, и молодые специалисты были вынуждены покинуть стены породнившегося института. В качестве обвинения «перестройщики» указали на то, что Дж. Алиев привлекал к работе физиков, химиков, математиков и тем самым нанес «большой вред» биологической науке. На самом деле невежи сами того, не сознавая, выплеснули на улицу будущее института, которое с таким усердием выпестовал ученый.