С самого начала Хайнкес продемонстрировал, что отличается от своего предшественника Луи ван Гала, жесткого приверженца определенной системы: «В прошлом году “Ганновер”, “Боруссия Дортмунд” и “Майнц” демонстрировали футбол, противоположный футболу мюнхенской “Баварии”. Не думаю, что придерживаться лишь одной системы – хорошая идея. Если я вижу, что тактика, которую я использую, не приносит результата, я готов ее сменить. <…> Необходимо, чтобы в новом сезоне “Бавария” имела лучший баланс между обороной и атакой и чтобы мы были гибкими в выборе тактики». В сезоне 2011/2012, а особенно в следующем сезоне Хайнкес продолжил развивать то, что заложил ван Гал: команда больше владела мячом, а качество паса стало выше. После первой половины сезона 2012/2013 в пятерке высших лиг Европы по владению мячом и успешным передачам «Бавария» занимала второе место после «Барселоны».
При Хайнкесе игроки стали располагаться компактнее, а позиционная игра команды стала более гибкой. В центре полузащиты находились Бастиан Швайнштайгер и Тони Кроос. Некоторым работа этого дуэта напоминала взаимодействие между Иньестой и Хави: Кроос, будучи плеймейкером, играл ту же роль, что и Иньеста в «Барсе». Из-за нового распределения ролей схема 4-2-3-1 превращалась в классическую 4-3-3, а иногда и в 4-1-2-3. В атаке Кроос и Швайнштайгер располагались на одной линии, за которой их страховал опорный полузащитник: эту роль выполнял баск Хави Мартинес, «Серхио Бускетс» мюнхенского клуба.
При Хайнкесе команда стала чувствовать себя увереннее в переходе от атаки к обороне. В случае потери мяча прессинг начинали все, даже нападающие. При Хайнкесе «Бавария» купила у «Вольфсбурга» Марио Манджукича – форварда, умеющего играть в отборе и ставшего «передним защитником» команды. Кроме того, тренеру удалось убедить двух величайших индивидуалистов – Франка Рибери и Арьена Роббена – в необходимости отрабатывать в обороне наравне с остальными, и они по-настоящему стали частью командной игры. «Именно на тренере лежит ответственность за результат, однако мы сильно зависим от класса игроков и их способности работать на команду. Каждый должен чувствовать себя частью целого», – говорил тренер.
«Бавария», которая когда-то стремилась стать немецким «Реалом», теперь больше походила на немецкую «Барселону». Некоторые называли команду Хайнкеса «облегченной версией “Барсы”», что в общем-то можно считать преуменьшением. К концу сезона 2012/2013 Ральф Рангник даже назвал «Баварию» лучшей командой мира: «Они атакуют быстрее, чем когда-либо прежде, более решительно, более разнообразно – часто используя диагональные передачи или передачи в свободную зону. Гораздо реже они пасуют поперек или назад. И в атаке, и в защите их игра стала другой».
Третий срок работы Хайнкеса в «Баварии» увенчался первым треблом в истории клуба: мюнхенцы выиграли Бундеслигу, Кубок Германии и одержали победу в Лиге чемпионов: в финале турнира в Лондоне «Бавария» выиграла со счетом 2:1 у «Боруссии» Юргена Клоппа.
Хайнкес признал, что за 34 года тренерской карьеры значительно изменился, особенно в своем отношении к игрокам. «На меня повлиял Хеннес Вайсвайлер, – рассказывал Юпп, – и я очень хотел быть похожим на него». В молодости, по словам Хайнкеса, он был «горячим и настойчивым», а некоторые игроки его даже «побаивались». Однако со временем он понял, что «не все могут быть такими футболистами, каким в свое время был я». Вот почему он постепенно стал вести себя иначе. Зрелый Юпп Хайнкес находил общий язык с каждым футболистом, он был идеальным тренером как для молодых игроков, так и для звезд. Хайнкес не пытался втереться в доверие – он просто был собой.
Хайнкес продолжал бы работать в «Баварии», если бы на рынке не было безработного на тот момент Гвардиолы. Это был шанс, который боссы клуба упустить не могли. Так в сезоне 2013/2014 преемником Юппа на посту главного тренера мюнхенского клуба стал каталонец.
Решающую роль в выборе тренера неожиданно сыграла философия каталонца. Президент «Баварии» Ули Хёнесс утверждал, что футбольная философия его клуба «очень близка» к философии «Барселоны». Вот почему, по словам Хёнесса, «Баварии» было не так уж сложно «заинтересовать Гвардиолу. <…> Его философия казалась нам более чем убедительной. Важно выигрывать титулы, но не менее важно, чтобы у тренера была философия. У Хайнкеса она есть, у Пепа – тоже».