Древняя Набережная палата увенчивалась высоким теремом с позолоченной крышей и имела отдельный вход, снабженный навесом-рундуком, который поддерживали резные деревянные колонны. Крыша этого рундука служила опорой для застекленного выступа-эркера, который не только оживлял внешний вид строения, но и увеличивал освещенность его внутреннего помещения — это было тем более важно, что окна, согласно традиции, в Набережной палате были невелики. С этого крыльца можно было попасть в так называемые Набережные сени — своего рода приемную, через которую торжественно шествовали приглашенные на прием бояре.
Стены деревянной Набережной палаты украшала стенопись работы самого Феофана Грека.
Новая Набережная палата была, в отличие от своей предшественницы, каменной. Ее выстроил в 1487 г. Марко Руффа, сразу же после этого приступивший к созданию Грановитой палаты. К этой новой Набережной палате тоже были пристроены сени, в свою очередь сохранившие название Набережных.
Между Набережной палатой и Большой, или Грановитой, примерно в то же время была выстроена так называемая Средняя палата, которую, за обилие примененного в отделке ее интерьера сусального золота, зачастую именовали в официальных документах Золотой.
Сусальное золото вообще очень часто применялось в русской архитектуре. И сегодня этот тип золотого покрытия можно увидеть на куполах храмов, даже современной постройка Часто задают вопрос: что это такое — сусальное золото? Особый вид краски? Нет, это не краска, а тончайшие пластины металла, изготовленные особым способом, технология которого дошла до наших дней из глубины веков. В процессе выработки сусального золота слиток благородного металла делится на несколько частей, каждая из которых расплющивается ударами молоточка, обернутого мягким материалом, в тонкий лист. Затем получившийся лист снова делится на части, операция повторяется — и так до 500 и более раз! Сусальное золото тоньше папиросной бумаги, при неосторожном обращении оно прилипает к пальцам. Вообще, способность налипать на какой-то предмет — одна из особенностей этой золотой пленки толщиной всего в несколько молекул. Тем не менее, при золочении куполов, каменных или деревянных поверхностей древнерусские мастера использовали для большей прочности покрытия костяной клей.
С Западной стороны к Средней палате было пристроено помещение для парадных пиров — Столовая палата, иначе — Столовая изба, которую среди прочих помещений дворца упоминает М. Н. Загоскин. «Избой» Столовую набережную величали из-за того, что, в отличие от других возводившихся в тот период элементов архитектурного комплекса дворца, она была выполнена не из камня, а из дерева — это подчеркивает Загоскин, называя ее «брусяной». Набережную палату он при этом именует «Столовой набережной», что может породить некоторую путаницу, однако ошибки здесь нет: дело в том, что парадные приемы в Набережной палате порой совмещались с угощением («потчеваньем»).
Кроме того, одновременно со Столовой избой (и рядом с ней) к Средней палате была пристроена еще одна, служившая кабинетом и приемной для Софьи Палеолог — супруги Ивана III. «София рассказывала ему о чудных палатах и храмах Италии, о блеске тамошних дворов и этими рассказами указала ему средства осуществить идеи наружного величия, которые смутно еще носились в голове и сердце властителя» — читаем мы в уже упоминавшемся романе И. И. Лажечникова. Кабинет любящей жены и политического союзника великого князя, Софьи Палеолог, так и назывался: палата Софьи Фоминичны (на Руси византийскую царевну, получившую воспитание в Италии, именовали с соблюдением принятых норм вежливости, по отчеству). Рядом с этой палатой стоял храм во имя Иоанна Предтечи, и от нее же начиналась внутренняя стена — ограда великокняжеского двора, доходившая до Боровицких ворот Кремля.
Внутри замкнутого пространства, ограниченного стенами великокняжеских хором и внутренней оградой, словно сказочный исполин, жил дворец — составлявшие его строения умножались в количестве, перестраивались и переделывались, некоторые из них разрушались, и на их месте немедленно возносились новые, все более просторные и нарядные. «Мастера особенно любили щеголять друг перед другом в развиве столбиков, в узорочной резьбе на подзорах и над красными окнами. Резьба эта на дереве была так искусна, что едва ли причудливая кружевница могла лучше сделать из ниток», — реконструировал вид этих хором И. И. Лажечников.
В 1492 г. Иван III задумал придать всему этому многообразию единый стиль и повелел разобрать старый дворец, дабы выстроить на его месте новые, каменные хоромы. Некоторая подготовка к этому титаническому труду уже была проведена: с некоторых пор многие новые постройки, как уже упоминавшаяся Набережная палата и сохранившаяся до наших дней Грановитая, выполнялись в камне. Однако поле для деятельности строителей все еще оставалось более чем широким. «Зодчие, литейщики, живописцы, резчики, серебряники отправлялись гурьбою в Москву», — рассказывая о роскошной отделке строившегося дворца, упоминает И. И. Лажечников.