Корабль, однако, успешно вошел в земную атмосферу и впервые в программе 7К-Л1 (“Зонд”) совершил управляемый спуск с использованием аэродинамического качества спускаемого аппарата. Траектория спуска имела длину около 9 тысяч километров и состояла из участка первого погружения, на котором скорость снижалась до 7,6 километров в секунду, участка внеатмосферного полета по баллистической траектории и участка второго погружения, на котором произошло основное торможение аппарата до скорости около 0,2 километра в секунду. Управление движением “Зондом-6” на траектории спуска достигалось регулированием величины подъемной силы за счет поворота спускаемого аппарата по крену. Таким образом, был осуществлен первый управляемый спуск на Землю со второй космической скоростью после облета Луны.
Во время прохождения образовавшегося в земной атмосфере вокруг корабля облака плазмы произошла разгерметизация парашютного контейнера из-за прогара уплотнения на его люке. Считается, что при этом возник “коронный разряд”, который пробил электрическую цепь гамма-высотомера. Система управления корабля расценила это как команду на отстрел парашюта. И парашют действительно отстрелился на высоте около 5,3 километра над поверхностью Земли. Напомним, что запасного парашюта на кораблях 7К-Л1 “Зонд” не предусматривалось.
Агентство ТАСС сообщило, что 17 ноября 1968 года спускаемый аппарат “Зонда-6” успешно приземлился в заданном районе Советского Союза. На самом деле спускаемый аппарат на высокой скорости врезался в земную поверхность, смявшись в “лепешку” высотой около метра и вырыв воронку глубиной едва ли не полметра. Взрыва и пожара не произошло лишь потому, что на борту спускаемого аппарата уже практически не было топлива, выработанного в ходе полета в атмосфере. Аппарат упал в 16 километрах от стартовой площадки №81 космодрома Байконур, с которой стартовал несколько дней назад. Из-под обломков “Зонда-6” были извлечены фотопленки с первыми цветными фотографиями Луны.
Испытатель космической техники Николай Зеленщиков позднее вспоминал: “После этого случая на всех “Союзах” была проведена доработка парашютной системы. Отстрел парашюта теперь проводился только после формирования команды “Земля”.
Аналогичную доработку сделали и на спускаемых аппаратах космического корабля 7К-Л1 (“Зонд”).
Генерал Николай Каманин сделал следующую запись в своем дневнике:
“26 ноября (1968 года – С.Ч.)