К сожалению, из-за нехватки денежных средств наземные стенды для динамических и огневых испытаний всей ракеты-носителя или хотя бы ее первой ступени не строились. Может быть, именно поэтому все пуски Н-1 окончились неудачей именно на этапе работы первой ступени ракеты-носителя. Считается, что большинство аварийных ситуаций было вызвано вибрацией конструкции ракеты-носителя, гидродинамическим ударом при выключении ее ракетных двигателей, разворачивающим моментом на старте, различными электрическими помехами во время запуска.
Первый пуск ракеты носителя Н-1 (изделие ╧ 3Л) был произведен ровно через два месяца после запуска американского корабля "Аполлон-8" к Луне - в 12 часов 18 минут 07 секунд 21 февраля 1969 года. Полезной нагрузкой служил беспилотный корабль 7К-Л1А/Л1С (изделие 11Ф92). Предполагалось, что корабль с разгонным блоком "Д" выйдет сначала на околоземную орбиту, а потом совершит перелет к Луне и выйдет на окололунную орбиту. После двух с половиной суток полета вокруг Луны корабль 7К-Л1 ("Зонд") предполагалось вернуть на Землю. Однако этим планам не суждено было сбыться. Уже через несколько секунд после старта ракеты-носителя Н-1 в результате кратковременного скачка напряжения система управления КОРД (КОнтроль Ракетных Двигателей) выключила двигатель номер 12. После этого КОРД выключил двигатель номер 24 - для того, чтобы обеспечит симметричность общей тяги первой ступени ракеты-носителя. Еще через 6 секунд возникшие продольные колебания корпуса ракеты-носителя вызвали разрыв линии подачи окислителя. Через 25 секунд после запуска произошел разрыв топливопровода. Произошло соприкосновение топлива и окислителя, вызвавшее возгорание. При возгорании была повреждена электропроводка и возникла электрическая дуга. Электрическая дуга была интерпретирована датчиками КОРД как запредельное повышение давления в турбонасосах. Система КОРД выдала команду на отключение всех двигателей первой ступени на 68-й секунде после старта. Произошел взрыв ракеты-носителя на высоте 12,2 километра. Однако взрыв не повлек за собой полного разрушения конструкции. Ракета-носитель рухнула на землю в 52 километрах от стартовой площадки и догорала уже на земле.
Второй пуск ракеты-носителя Н-1 (изделие ╧ 5Л) состоялся 3 июля 1969 года. Полезной нагрузкой являлись беспилотный корабль 7К-Л1А/7К-Л1С (изделие 11Ф92) и макет лунного посадочного корабля ЛК (изделие 11Ф94). Программой полета предусматривалось, что корабль 7К-Л1А с разгонным блоком "Д" выйдет сначала на околоземную орбиту и затем совершит перелет к Луне с выходом на окололунную орбиту. После двух с половиной суток полета вокруг Луны корабль 7К-Л1А ("Зонд") предполагалось вернуть на Землю. Но уже с момента запуска начал нештатно работать периферийный двигатель ╧ 8 блока "А" - считается, что причиной его аварии было разрушение насоса окислителя двигателя из-за "попадания металлического предмета". Ракета-носитель вертикально поднялась на высоту примерно 200 метров. КОРД выдал команду на поочередное отключение двигателей. Всего за 12 секунд были отключены все двигатели блока "А", кроме одного - ╧ 20. Этот единственный работающий двигатель вызвал разворачивание ракеты-носителя вокруг ее поперечной оси. На 15-й секунде полета сработали двигатели системы аварийного спасения космического корабля. Оставшаяся часть ракеты-носителя на 23-й секунде полета практически плашмя упала на стартовую позицию. В результате последовавшего взрыва и пожара первый стартовый стол был практически разрушен, а второй стартовый стол серьезно поврежден.
Третий пуск ракеты-носителя Н-1 (изделие ╧ 6Л) состоялся 27 июня 1971 года. Полезной нагрузкой служили макет беспилотного лунного орбитального корабля ЛОК (изделие 11Ф93) и макет лунного посадочного корабля ЛК (изделие 11Ф94). Цель полета - вывести полезную нагрузку на сильно вытянутую околоземную орбиту. После запуска все 30 двигателей блока "А" нормально работали, но возник нерасчетный момент по крену, и ракета-носитель Н-1 стала поворачиваться вокруг своей продольной оси. Рулевые сопла перестали справляться с нештатным поворотом. Ракета-носитель начала разрушаться в полете. Произошло разрушение стыка соединения ракетного блока "В" и расположенного над ним головного блока ракеты-носителя Н-1. Головной блок оторвался от остальной части ракеты и спустя несколько секунд упал недалеко от стартовой позиции. Учитывая предыдущий опыт аварий, для гарантии сохранения стартового комплекса команда аварийного выключения двигателей блока "А" была заблокирована до 50 секунды с момента старта ракеты-носителя. Поэтому полет оставшейся части ракеты-носителя продолжался. Первая и вторая ступени Н-1 неуправляемо продолжали полет. Только после снятия блокировки на 51-й секунде полета ракетные двигатели блока "А" были выключены аварийной командой от концевых контактов гироприборов. Обломки ракеты-носителя упали на землю и взорвались. Образовалась воронка диаметром 45 и глубиной 15 метров, расположенная в 16,2 километрах от стартовой позиции.