После смерти Сергея Павловича Королева 14 января 1966 года во время хирургической операции руководить непосредственной подготовкой к полету "Восхода-3" от конструкторского бюро стал его первый заместитель Василий Павлович Мишин. На совещании 28 января 1966 года по его настоянию было решено перед полетом космонавтов осуществить испытательный полет на космическом корабле "Восход" двух собак. В феврале-марте 1966 года космический корабль серии "Восход" успешно совершил полет под наименованием "Космос-110" с собаками Ветерком и Угольком на борту. Собаки-испытатели пробыли на околоземной орбите 22 дня и отлично перенесли длительную невесомость.
Но чем ближе была предполагаемая дата запуска в космос "Восхода-3", тем больше проблем стало появляться. Весной 1966 года, когда подготовка "Восхода-3" вступила уже в завершающую фазу, неожиданно начали всплывать новые технические проблемы и нерешенные вопросы, которые могли в перспективе серьезно осложнить всю космическую экспедицию.
Поэтому старт очередного советского космического корабля в 1966 году так и не состоялся. 10 мая 1966 года, за две недели до запланированного запуска, прошло заседание Военно-промышленной комиссии под председательством заместителя Председателя Совмина СССР Л.В.Смирнова. Председатель Государственной комиссии Г.А.Тюлин, главный конструктор ОКБ-1 В.П.Мишин, руководитель подготовки космонавтов генерал Н.П.Каманин доложили, что все готово к пуску 25-28 мая космического корабля "Восход-3". Но, заслушав все доклады, Л.В.Смирнов неожиданно высказался за отмену космического полета, мотивировав свое предложение тем, что полет длительностью в 18-20 суток не даст ничего нового ни науке, ни обороне страны. Кроме того, осуществление полета "Восхода-3" якобы существенно задержит работу над перспективным космическим кораблем 7К-ОК "Союз" и в 1966 году не удастся запустить его на орбиту. Была и политическая причина: якобы полет без маневра на орбите и без стыковки покажет отставание СССР от США и будет воспринят мировой общественностью как доказательство превосходства американцев.
Время "Востоков" и "Восходов" уходило. На стапелях уже стояли космические корабли нового поколения - "Союзы".
Под влиянием "высокого мнения" Л.В.Смирнова Государственная комиссия на заседании 12 мая решение о запуске "Восхода-3" так и не приняла. Сроки космического полета сместились на июль 1966 года. В последующие дни под давлением все того же Л.В.Смирнова большинство членов Госкомиссии изменили свое мнение, и уже мало кто поддерживал полет "Восхода-3". Госкомиссия по вопросу о запуске "Восхода-3" больше не собиралась, новую дату запуска космического корабля так и не назначили.
Поэтому 1966 год стал годом, в который советские космонавты - впервые с начала эры пилотируемых полетов - вообще не стартовали в космическое пространство. После завершения полета "Восхода-2" в марте 1965 года возникла пауза в полетах советских космонавтов, длительностью более двух лет. Это было очень странно на фоне блестящих успехов американской пилотируемой программы "Джемини". За 1965-1966 годы американцы выполнили десять успешных полетов на околоземную орбиту. Были осуществлены длительные полеты в космос, продолжительностью от 5 до 14 суток, стыковки на орбите с ракетной ступенью "Аджена", выходы космонавтов из корабля в открытый космос и многочисленные научно-технические и военные эксперименты. На этом фоне ярких успехов "молчание" Советского Союза было необъяснимым. В середине 60-х в СССР даже стали ходить слухи, что пилотируемую космонавтику вообще "прикрыли" после снятия Н.С.Хрущева с постов Первого секретаря ЦК КПСС и Председателя Совета Министров СССР.
На самом деле причина временного прекращения советских пилотируемых полетов в космос в 1965-1966 годах была иной. Руководители советской космической программы просто надеялись, что вот-вот начнут летать корабли "Союз", но эти новые космические аппараты еще не были готовы к эксплуатации. Первый пуск пилотируемого "Союза" намечался только на ноябрь-декабрь 1966 года. В своем дневнике генерал Николай Каманин вынужден был с горечью констатировать:
"Вчера (8 декабря 1966 года - С.Ч.) вечером провели заседание Госкомиссии.