Штабы армий (образовывались с началом мобилизации при объявлении войны) и военных округов (фронтов, формирующихся на базе штабов соответствующих военных округов) были более специализированы и делились на управления: генерал-квартирмейстера (оперативная часть), дежурного генерала (производство, назначения на должности, награды, переводы, ведение списков обо всех офицерах) и этапно-хозяйственную часть.
Ближайших помощников начальников штабов, начиная с армейского звена, объединяла квартирмейстерская служба. Ее характерной особенностью в русской армии было то, что она на себя замыкала обязанности оперативной службы. Управление генерал-квартирмейстера состояло из трех отделений: строевого, мобилизационного и отчетного – и топографической части. В каждом отделении было две должности офицера Генерального штаба – старшего адъютанта и его помощника. Строевое отделение занималось составлением расписаний и перепиской по распределению войск; составлением квартирных и лагерных расписаний, маршрутов, дислокаций и инструкций войскам; перепиской по размещению, передвижению и обучению войск; планированием всех видов занятий; службой войск. Мобилизационное отделение, отмечал А. Кавтарадзе, ведало всеми вопросами, относящимися к мобилизации. В сферу деятельности отчетного отделения входило: сбор военно-статистических (разведывательных) и военно-топографических сведений, относящихся к району расположения округа, ближайшим областям соседних государств; получением, хранением и рассылкой в войска и учреждения карт и планов; перепиской по соответствующим вопросам.
Служба в различных управлениях и отделах Большого Генерального штаба была еще более дифференцирована. Прямое отношение к оперативной деятельности имело оперативное отделение, входившее с 1900 г. вместе со статистическим отделением и канцелярией военно-ученого комитета во вновь образованную часть генерал-квартирмейстера, с 1903 г. оперативное управление 2-го генерал-квартирмейстера, в ведении двух отделов которого были вопросы военной статистики, изучение театра военных действий (ТВД), разработка оперативных планов и мобилизация.
Таким образом, на ближайшем помощнике начальника штаба (генерал-квартирмейстере) в оперативно-стратегическом звене лежала основная, наиболее ответственная часть работы штаба. Это ослабляло влияние на нее самого начальника штаба, который занимался менее важными, второстепенными обязанностями, к которым относились административные, инспекторские и хозяйственные вопросы. Следует сказать, что в армиях наиболее развитых государств того периода начальник штаба непосредственно отвечал именно за оперативную, основную работу штаба.
Одним из структурных подразделений Главного управления Генерального штаба (до 1903 г. Главного штаба в соответствие с «Положением», введенным в действие приказом 1903 г. № 133 по военному ведомству)
Прохождение службы на штабных должностях предоставляло данной категории офицеров определенные преимущества перед армейскими офицерами, связанные с отдельной служебной линией производства в чины и звания. Хотя следует заметить, что причисление офицера к Генеральному штабу не гарантировало его реальной пригодности к выполнению служебных обязанностей. Подготовка каждого отдельно взятого офицера генерального штаба как в войсках, так и в штабах зависела от случайностей.
Отметим, что этого в значительной мере избегали в Германии, где причисление к Генеральному штабу осуществлялось после окончания академии, но через несколько лет службы под педантичным наблюдением и оценкой его деятельности со стороны кураторов – достаточно высоких чинов немецкого Генерального штаба.
Для офицера Генерального штаба русской армии второй половины XIX в. требовалось умение печатать на печатной машинке, управлять автомобилем, вести воздушное наблюдение и читать аэроснимки, использовать радиотелеграф и радиотелефон. Необходимо было также знание языков (прежде всего немецкого, французского, английского) для собственной проработки иностранных изданий в области военного искусства и выработки точки зрения на основные вопросы военного дела.