Систематические раскопки в районе Кумрана начались в конце 1951 г. и продолжались вплоть до 1957 г. Было обследовано несколько десятков пещер, но только в одиннадцати из них были найдены документы, представляющие большой интерес. В научной литературе материалы кумранского района принято обозначать номером той пещеры, в которой они обнаружены: 1Q (Q — первая буква слова Qumran), 2Q, . . ., 11Q.
Первая пещера. В этой пещере, обнаруженной весной 1947 г., бедуины нашли большое количество амфор эллинистическо-римского типа. Внутри некоторых из них оказались весьма важные рукописи, ставшие впоследствии знаменитыми и получившие условное наименование «семь свитков» Мертвого моря. Речь идет о следующих рукописях: два списка книги пророка Исайи — один полный (1QISa), а другой в частях (1QISb); Устав общины (1QS); «Война сынов света против сынов тьмы» (1QM); комментарий на книгу пророка Аввакума (IQpHab); Собрание благодарственных гимнов (1QH); комментарий на библейскую книгу Бытия (1Q Gen. Апос.). За исключением комментария на книгу Бытия, написанного на арамейском языке, все остальные произведения из первой пещеры дошли до нас на древнееврейском языке.
Тщательное археологическое обследование первой пещеры (с 15 февраля до 5 марта 1949 г.) было произведено экспедицией, возглавляемой Л. Хардингом и Р. де Во. Археологи обнаружили большое количество обломков керамики и обрывки льняных тканей, пропитанных смолой с целью лучшего сохранения завернутых в них свитков. В пещере нашли также около пятисот фрагментов различных рукописей. Некоторые из них являлись частями семи свитков, найденных ранее бедуинами. Кроме библейских рукописей, были обнаружены тексты апокрифов и комментариев на библейские книги. Среди найденных текстов многие являются совершенно новыми, ранее неизвестными. Это относится в первую очередь к фрагменту, примыкавшему к Уставу общины. Этот фрагмент был впоследствии условно назван текстом «Двух колонок».
Вторая пещер а. В марте 1952 г. экспедиция под руководством Л. Хардинга и Р. де Во производила раскопки в районе Кумрана. Во второй пещере, расположенной приблизительно в 150 метрах к югу от первой, археологи обнаружили обломки керамики и около ста фрагментов библейских и небиблейских рукописей. Среди текстов небиблейского содержания следует отметить фрагменты апокрифических книг Юбилеев и Бен-Сиры.
Третья пещера. Она расположена приблизительно на расстоянии 1,5 километра к северу от Хирбет Кумрана. Археологическое обследование этой пещеры произошло в марте 1952 г. В ней были обнаружены новые фрагменты рукописей. Кроме того, здесь найдены знаменитые два медных свитка.
Четвертая пещера. В начале сентября 1952 г. бедуины открыли искусственную пещеру, расположенную в нескольких метрах от развалин Хирбет Кумрана. В ней оказались тысячи фрагментов не менее 400 различных рукописей на еврейском и арамейском языках. В конце сентября приступила к работе археологическая экспедиция под руководством Р. де Во и Ж. Милика. Археологи обнаружили еще сотни фрагментов рукописей.
По содержанию найденные тексты отличаются большим разнообразием. Обнаружены рукописи всех канонических библейских произведений, за исключением книги Есфири, фрагменты комментариев на книги Исайи, Осии, Наума и Псалмов, а также отрывки из ряда апокрифических книг. Найдены новые экземпляры Устава и некоторых других произведений кумранской общины. К находкам четвертой пещеры относятся также мессианские и астрономические тексты, филактерии, генеалогические таблицы, сборники правового характера. Для прочтения, изучения и издания всего рукописного материала, найденного в четвертой пещере, была образована международная комиссия из семи специалистов, представителей разных национальностей и вероисповеданий.
Пятая пещера. Эта пещера, как и четвертая, была обнаружена осенью 1952 г. В ней найдены фрагменты библейских текстов, отрывки из апокрифической книги Товита, фрагменты Дамасского документа, филактерии. Однако по сравнению с находками в четвертой пещере результаты археологического обследования пятой пещеры были очень скромными.
Шестая пещера. Она была обнаружена бедуинами. В ней найдены фрагменты книг Царей и Даниила, а также отрывки из Дамасского документа.
Пещеры VII—X. Эти пещеры были обследованы археологами в 1955 г. В них обнаружены обломки керамики, футляры для филактериев, фрагменты некоторых текстов, остраконы с древними письменами. Эти четыре пещеры вследствие небольшого количества найденных в них рукописей названы «малыми пещерами».
Одиннадцатая пещера. Она расположена в 2 километрах к северу от развалин Хирбет Кумрана. В 1956 г. пещеру обнаружили бедуины, которые нашли в ней пять неплохо сохранившихся рукописей. В том же году в этой пещере производились раскопки под руководством Р. де Во. Были найдены ножи, ножницы, обломки керамики, обрывки белья и веревок. Однако поиски нового рукописного материала не привели к существенным результатам.