Только потом трое людей, вытягивающих показания из самого царевича, были названы наводящими ужас словами — Тайная канцелярия, в её состав входил и Пётр Андреевич.
Но все вопросы, на которые должен был отвечать Алексей, составлялись самим царём, так что канцелярии надо было лишь добиться правдивых ответов на эти вопросы. А правдивость их можно было проверить, только сопоставив показания разных свидетелей.
И главным свидетелем оказалась любовница Алексея — Ефросинья.
С головой выдала она царевича — перед ней не раз развивал он планы, что будет, когда он завладеет троном. А эту мысль он вынашивал годами и отдался под покровительство австрийского императора именно с этой целью.
Самое главное, чего добились от Алексея, — признание, что намеревался завладеть троном, опираясь на иностранные штыки и на силы, враждебные Петру в самом государстве.
Это был заговор, и теперь предстояло распутать все нити его...
Ещё в письмах своих Пётр обещал сыну полное прощение его вины, ежели он возвратится и будет послушен воле монарха.
Но тогда Пётр не знал и половины всего, что натворил его сын, каковы были его намерения и планы.
Сознавался он только под давлением показаний свидетелей, а значит, не чистосердечно и был далёк от раскаяния.
Ещё в самом начале следствия Пётр заявил сыну:
— Понеже вчера прощение получил на том, дабы все обстоятельства донести своего побегу и прочего тому подобного, а ежели что утаено будет, то лишён будешь живота.
Царевич вилял и лгал, утаивал всё, что только возможно, и лишь под давлением показаний свидетелей признавался в вине.
Пётр решился на пытки.
На дыбе, под кнутом, Алексей, малодушный и безвольный, вытягивал из себя слово за словом, оговаривая всех, кто был к нему причастен. Узнавали о таких делах, в которые Пётр даже и не подумал вникнуть.
Отсюда возникло и дело бывшей жены Петра — инокини Елены. Оказалось, что между царевичем и его матерью существовала постоянная связь.
Евдокия, бывшая царица, обиженная царём и насильно постриженная им в монахини, уповала на сына, могущего восторжествовать на троне.
Ростовский епископ Досифей сочувствовал Евдокии, разрешил ей одеваться в мирское платье, и также сочувствовал Степану Глебову, который влюбился в бывшую царицу-красавицу и был её преданным другом и любовником.
С Глебовым и прежней царицей не стали церемониться: Глебова посадили на кол, Досифея низложили и колесовали, а инокиню Елену отправили в Ладожский монастырь с таким строгим уставом содержания, что она не могла вздохнуть от утеснения.
Всё-таки не мог решиться царь лишить жизни свою бывшую супругу, понимал, что он как-никак двоеженец — при жизни первой жены обвенчался с другой.
Сразу же был колесован и Александр Васильевич Кикин, бывший любимец самого царя, взявший сторону наследника, его главный советчик и друг.
И всё-таки царевич всё ещё вилял, запирался, лгал и изворачивался.
Пётр сам присутствовал на пытках. В ту пору пытки были самым обыкновенным делом — физические истязания в тот жестокий век считались главным средством выжать из подследственных правду...
Скупо доносились до Марии слухи и молва о беспримерной вражде отца с сыном.
Ужаснулась она только тогда, когда узнала, что, получив от Ефросиньи обличающие царевича показания, царь сам приехал на мызу, где поселили Алексея, сам отвёл его в сарай и начал в остервенении стегать кнутом.
Лишь после двадцати ударов Алексей, изнемогая от боли и брызгающей во все стороны крови, сознался в заговоре.
Сопоставляла Мария: в начале своего царствования Пётр вот в таком же исступлении сам отрубал головы стрельцам, бунтовавшим против него, — теперь он стегал собственного сына, потому что тот поднял на него руку, предательскую, подлую, кровавую.
И не знала, порицать ли Петра за его жестокость или оправдать его в своём сердце. Постигала тёмные стороны характера и души царя, и ужасалась, и понимала, что без его жестокости, без его зверства могло бы и не быть государства Российского.
«Но неужели без крови не стоит ни один трон?» — часто думала она. И всё-таки любовь заставляла её прощать Петру все его кровавые и дикие выходки.
Что ж, таковы нравы российские, и не нам их исправлять, таковы цари русские, и не нам указывать на их варварство. И приводила себе тысячи примеров ещё большей жестокости других монархов, и легко прощала Петра...
Но и она с любопытством ждала, как же царь-самодержец будет наказывать своего сына. И ответ получила от своего отца, назначенного царём вместе с другими сановниками рассмотреть дело царевича.
Обещал царь помилование сыну, а теперь хотел, чтобы другие сняли с него эту клятву...
Опасался Пётр, что в деле этом видит меньше других, «дабы не погрешить, ибо натурально есть, что люди в своих делах меньше видят, нежели другие в их», и потому передал дело на рассмотрение двум судам — церковному и светскому.
Страшился Пётр нарушить своё слово, данное перед Богом сыну, — помиловать его, — боялся угрызений совести.