В борьбе с оккупантами погибли партизаны, члены литовской компартии Пятрас Паярскис, Ицикас Мескупас-Адомас, Александр Яцовский, Каролис Петрикас, Ююозас Витас и много их товарищей. Вот Ю. Витас руководил одной из самых крупных подпольных организаций, был выдан предателем, арестован в июне 1943 г. и через месяц казнен. Хотя в Литве улицы имени Ю. Витаса в 1990–1991 г. были упразднены, именем Й.Витаса названа улица в российском городе Орле. Его именем названо и местное железнодорожное депо.
Некоторые партизаны еще летом или в начале осени 1941 г. погибли целыми группами. Так в конце августа 1941 г. в районе Игналины, у озера Луодо погибла группа из 5 партизан, которой руководил Винцас Шюпинис. Шестой член этой группы А. Слапшис был ранен, схвачен гестаповцами и вывезен в Каунас. Там его допрашивали, хотели уговорить перейти на другую сторону – служить оккупантам. Но опытный подпольщик, прошедший суровые испытание еще во времена сметоновского режима (у него проводили обыски, отправляли в тюрьмы, концлагеря), не согласился предать друзей и служить врагу. 13 декабря 1941 г. трое партизан, все опытные коммунисты – Албертас Слапшис, Алфонсас Вилимас и Владас Баронас были публично повешены в Каунасе.
Много советских партизан успешно боролись и дождались победы – М.Шумаускас, Г.Зиманас, Й. Вилджюнас, С. Ваупшас, А.Булота, С. Апивала, А.Ковнер, И. Арад, М. Корчак, С. Гинайте и др. Создавались партизанские отряды —,Гражинос”,Бирутес”,Бичюлю”,Смерть оккупантам” и др. Их костяк составляли коммунисты и комсомольцы.
Во время оккупации одно из самых жестокий явлений – это Холокост. На территории Литвы Холокост был особенно жестокий, было истреблено 95 процентов евреев Литвы (около 230 тысяч человек). Уже с 24–25 июня 1941 г. в Каунасе начались массовые убийства евреев, местные буржуазные националисты их стреляли, вешали, убивали топорами. Доходило до варварских преступлений – так на окраине Вилиамполе бывший лейтенант сметоновской армии В. Виткаускас-Сайдокас схватил известного раввина Залмана Осовского и топором отрубил ему голову. В Жемайтии, в городке Плунге один из лидеров литовских фашистов – Йонас Норейка(генерал Ветра) провел акцию массового истребления местных евреев – по его приказу были расстреляны свыше 2000 евреев. С первых дней немецкой оккупации в Трошкунай и других городках района Аникщей евреев жестоко убивали местные фашисты А. Случка-Шарунас, А. Старкус-Монте и их подельники. Много евреев были закрыты в гетто.
Постепенно некоторые евреи покидали территории гетто и вступали в отряды советских партизан. Среди них Файна Бранцовская (она до сих пор живет в Литве. Неофашисты ей угрожает и всячески унижает её), Йосиф Меламед (он и группа его соратников проделали большую работу в исследования преступлений Холокоста) и Ицхак Арад (тоже занимался исследованиями Холокоста и других нацистских преступлений, написал на эту тему несколько книг).
Гитлеровские оккупанты и их местные пособники часто истребляли местных жителей семьями. Вот примеры: в районе Купишкис в апреле 1942 г. гестаповцы расстреляли семью Лапенисов из 4 человек – за то, что один из членов семьи нашел парашют советских партизан и принес его домой, при этом не сообщил о находке оккупантам. 5 апреля 1944 г. немецкие оккупанты окружили дом в Каунасе. Там спрятался и работал с радиостанцией советский партизан Ю.Алексонис. Смелый партизан погиб в бою, тогда гитлеровцы расстреляли собственника дома Ююзаса Обелениса вместе с семьей: женой и двумя дочками.
С мая 1944 г. началось освобождения Литвы. До конца 1944 г. была освобождена почти вся территория Литвы. Наконец закончился кровавая эра фашизма на территории Литвы
Послевоенный период. 1944–1954 г
После войны, когда Литва была освобождена от оккупантов, началась еще одна необъявленная война. В леса ушли много нацистских преступников, они агитировали ступать в их отряды и простых жителей деревни, и некоторые люди поверили их сказкам. Проводились массовые убийства, грабежи, поджоги. Гитлеровские палачи, такие как Й. Норейка (генерал Ветра), Й. Мисюнас-Зеленый Дьявол, А.Случка-Шарунас, С.Станишкис – Литас, Й. Жемайтис- Витаутас, Ю. Виткус-Казимерайтис и другие их подельники даже после войны купались в крови. Против них боролись коммунисты Л.Мартавичюс, А. Гайлявичюс, Й. Барташюнас, Б. Белюнас и много других их соратников. В этой трудной борьбе удалось победить банды палачей, но их жертвами стали 25 тысяч жителей Литвы, в том числе много детей и стариков.
Период творческого строительства социализма в Литве (1954–1989 г.)