Многое изменилось в 1928 г. с началом чрезвычайной политики в стране и, особенно, в деревне. «Чрезвычайщину» и последовавшую за ней форсированную коллективизацию М. Н. Рютин не принял. Эта его позиция усилилась с пребыванием в 1929 – начале 1930 гг. в качестве уполномоченного ЦК ВКП(б) по коллективизации в Восточной Сибири. Именно тогда он окончательно убедился, что практика сталинской коллективизации ведет к катастрофе. Он стал свидетелем того, как середняков, в том числе бывших красных партизан, если они отказывались вступать в колхозы, раскулачивали и ссылали. Рютин наблюдал, как перегибы в колхозном движении ведут к росту недовольства крестьян, и что деревня стоит на грани гражданской войны. И всё это не являлось случайностью, а направлялось и поощрялось сверху лично И. В. Сталиным и его помощником по коллективизации Л. М. Кагановичем. Мартемьян Никитич много беседовал с сибирскими партийными и советскими работниками на местах, встречался с крестьянами. По свидетельству современников, он принимал участие в деревенских сходах, в неформальной маёвке на одном из островов Ангары [1, с. 155].
Из пребывания в Сибири периода разгара коллективизации М. Н. Рютин сделал для себя и своих единомышленников важные выводы. Фактов для этого более чем хватало. Кулачество, безусловно, сопротивлялось, и проявляло при этом серьезную активность. Однако сопротивление принудительной коллективизации по стране в целом и по Сибири в том числе, было гораздо шире, чем деятельность политически активной части кулачества. Сталинская практика сплошной коллективизации и нажима объективно вызвала массовое сопротивление крестьянства: кулаков, значительной части середняков, а в ряде случаев – и бедноты. Власть привычно отвечала репрессиями. В приказе прокурора и председателя суда Сибкрая окружным прокурорам и председателям судов от 28 февраля 1930 г., в частности, вменялось квалифицировать по статье 58/10 пропаганду и агитацию, направленную к подрыву или ослаблению правительственных мероприятий по колхозному строительству и посевной кампании [17, с. 281].
В первые месяцы 1930 г. по всей стране (и в Сибири тоже), в ответ на нажим произошел резкий рост массовых антиколхозных выступлений, в том числе и открытых восстаний. В закрытом письме ЦК ВКП(б) о задачах колхозного движения в связи с борьбой с искривлениями партийной линии» от 2 апреля 1930 г. Сибирь называлась в числе регионов с наиболее значительным количеством
В Сибири только с января по март 1930 г. произошло несколько десятков крестьянских выступлений, квалифицированных властью как выступления кулачества. В ряде случаев так оно и было, но отнюдь не во всех. Как и в других районах страны, в Сибири в период коллективизации возникло немало вооруженных групп (как правило, мелких, но иногда и значительных), которые вели партизанскую борьбу против сельских органов власти, администрации, колхозов. Иногда крестьянские выступления охватывали значительные территории, как это было в Минусинском округе («Каратузское восстание», июнь 1930 г.), где повстанцы захватили большое село Кожебару и объявили о свержении Советской власти и создании земской управы. Аналогичные по размаху восстания произошли в Бийском округе («Уч-Пристанское восстание», март 1930 г.), Омском округе («Муромцевское» или «Рязанское восстание», март 1930 г.), в Забайкалье («Усть-Карийское восстание», май 1930 г.).
В составе мелких отрядов («банд») в 1930 г. решающий удельный вес, как правило, принадлежал кулакам – наиболее активной социальной группе сопротивления. В более крупных отрядах большинство составляли крестьяне-середняки. В Западной Сибири в 1930 г. было ликвидировано 537 банд [19, с. 235.]. Районами наиболее интенсивного и массового сопротивления принудительной коллективизации на территории Сибири стали Алтай, Минусинский край, Забайкалье. В 1931–1932 гг. сопротивление продолжалось, причем в ряде мест произошли новые крестьянские восстания. По данным, приведенным чуть позднее М. Н. Рютиным в политической платформе «Союза марксистов-ленинцев», в 1929 – первой половине 1930 гг. «…в стране прошла волна невиданных крестьянских восстаний середняцко-бедняцких масс… (…) Лишь крупных восстаний с тысячами участников в каждом в этот период по СССР было более 500, а мелких – и того больше». Это были факты в том числе и из собранного М. Н. Рютиным в Сибири материала о коллективизации и сопротивлении перегибам [20, с. 167]. Было ясно, что дело здесь не только в сопротивлении кулачества и в деятельности «недобитых» белогвардейцев.