20 июня 2011 года Указом Президента Российской Федерации назначен руководителем управления взаимодействия со средствами массовой информации Следственного комитета.
Владимир Маркин неоднократно озвучивал заявления Следственного комитета по уголовным делам, причисляемым рядом независимых источников к «политическим».
8 декабря 2012 года Маркин в комментарии на сайте Следственного комитета выразил неудовольствие по поводу замечаний премьер-министра Дмитрия Медведева в адрес следователей, проводивших обыск у режиссёра документального фильма «Срок» Павла Костомарова: «Очень странно было услышать комментарии, не только оскорбляющие следователей СК России, но и подрывающие авторитет всех правоохранительных органов страны». Позднее комментарий был удалён с сайта из-за «неоднозначности формулировок», однако сам Маркин не отказался от резких слов про Медведева.
7 мая 2013 года Маркин в авторской статье в газете «Известия» раскритиковал заместителя председателя правительства Российской Федерации Владислава Суркова за критические высказывания в адрес Следственного комитета, сделанные им в Лондонской школе экономики]: «В случае чего банальное уголовное преследование за хищения можно представить как политическое преследование. Славу в соцсетях заработать можно, а то и право на убежище в Лондоне. Отдельные виртуозы политпиара ухитряются делать подобные пируэты, даже находясь в руководстве власти, против которой протестуют». В ответ Владислав Сурков заявил: «Я графоманию не комментирую», а «источник в правительстве» напомнил о истории с аннулированием диплома Маркина и неизбрании его в депутаты от «Единой России». 8 мая 2013 года Путин уволил Суркова с поста заместителя председателя Правительства Российской Федерации – с формулировкой «по собственному желанию».
По мнению автора издания Slon.ru Лолы Тагаевой, к весне 2013 года Маркин стал одним из главных политических спикеров в России, а «силовики» – автономным от администрации президента политическим субъектом».
Что обращает на себя внимание в это биографии?
Нет, не сомнительный юридический диплом. Понятно, что он был необходим только для того, чтобы иметь основания зачислить нужного человека в штат в правоохранительные органы и поощрять особо ценного специалиста очередными или внеочередными званиями. Иначе говоря, это те же бюрократические игры, наглядно отражающие уровень чистоплотности ведомства и самого Маркина. Не больше и не меньше.
Не так вызывающе выглядит и блестящая карьера Владимира Ивановича: за восемь лет из рядовых необученных в доморощенные генералы. В жизни всяких чудес хватает. Вот, например, Александр Меньшиков из денщиков в князья выбился, а прокурор Марина Морковина за два года участия в процессах Трунова и Солодкиных-Андреева доросла от капитана до полковника.