По модели Цюриха церковные преобразования произошли в других швейцарских городах. Руководили ими в Базеле священник-гуманист Иоганн Эколампадий, в Берне — реформатор Бертольд Галлер, в Сен-Галлене — литератор Иоахим Вадиан, причем магистраты этих городов поддерживали теологов-обновленцев. Стремление Цвингли провести Реформацию по всей Швейцарии встретило сопротивление горных кантонов, правители которых пытались изолировать Цюрих. На диспутах лучшие католические полемисты Иоганн Экк и Томас Мурнер требовали отлучения Цвингли, но сторонники Реформации в более развитых протестантских провинциях сплотились вокруг Цюриха. Противостояние католических и протестантских сил привело к войне, и 11 октября 1531 г. в битве при Каппеле Цвингли был убит.
Как христианский мыслитель, Цвингли считал позорным традиционную военную службу своего народа в армиях иноземных государей и призывал покончить с наемничеством швейцарцев. Однако эта его проповедь нарушала экономические интересы населения, которое не поддержало религиозных и политических начинаний Цюриха.
Военные неудачи не остановили Реформации в Цюрихе, которая была продолжена под руководством
В процессе развития Реформации посредником между швейцарскими и немецкими городами являлся Страсбург. Викарий кафедрального собора Матвей Целл проповедовал тысячам горожан учение Лютера, а руководил реформами Мартин Буцер при поддержке магистрата. В городских приходах были назначены проповедники Евангелия, учреждены школы, опубликован новый катехизис. Затем была выработана церковная конституция, утвердившая участие светских лиц в церковных структурах и обращавшая большое внимание на духовную дисциплину верующих. Гуманист Иоганн Штурм, один из организаторов протестантского образования, возглавил обучение «просвещенной набожности» в гимназии, превратившейся впоследствии в Академию.
Особая теологическая концепция Буцера получила отражение в «Исповедании четырех городов» («Confessio Tetrapolitana»), которое было оглашено на том же сейме в Аугсбурге в 1530 г., где Филипп Меланхтон представил лютеранское «Аугсбургское вероисповедание». В своей евхаристической формуле Буцер занимал промежуточную между Лютером и Цвингли позицию. Духовный и политический климат Страсбурга отличался терпимостью к представителям различных направлений Реформации и в том числе к радикальным реформаторам. Однако политическая самостоятельность Страсбурга не устраивала имперские власти, и по требованию Карла V реформатор был изгнан из Страсбурга. Эмиграция Мартина Буцера в Англию способствовала укреплению там сочувствия к Реформации на континенте. В Страсбурге же было представлено «Аугсбургское вероисповедание», что определило в дальнейшем переход официальной церкви Страсбурга на позиции лютеранской ортодоксии.
Богословские концепции и политические программы Лютера, Цвингли и Буцера отнюдь не совпадали, но они были единомышленниками в том, что вели борьбу на два фронта — с Антихристом в Риме и с еретиками в своих рядах. Воплощением ереси с точки зрения католицизма был весь протестантизм, как ортодоксальный, так и радикальный. Католики ставили в вину реформаторам иконоборческие движения в Виттенберге и Цюрихе, радикальные лозунги народных проповедников. С точки зрения Лютера, Цвингли и Буцера, а также их преемников, воплощением безбожия и ереси, гораздо более опасной, чем папизм, были выступления радикальных реформаторов.
Гражданская стойкость Лютера и первые победы над католицизмом в Германии и Швейцарии всколыхнули общественное сознание. Ожили вечные упования людей на лучшую долю, отмену не только прежней церкви, но и прежних норм жизни. В имперских городах появились проповедники, которым виделись приближение тысячелетнего царства Христа на земле, отмена отношений господства и подчинения, феодального суда, государства, семьи и собственности. Внезапно и бурно заявило о себе «левое крыло» Реформации, бунтари и общины воинствующего типа, вовлекавшиеся в массовое движение анабаптистов.