В следующем столетии новое здание Петрикирхе было построено в 1833–1838 гг. по проекту архитектора А. П. Брюллова, создавшего шедевр петербургской архитектуры. В интерьере храма центральное место занимали «Распятие» кисти знаменитого живописца К. П. Брюллова (ныне хранится в Русском музее) и монументальная кафедра проповедника.
В 1761 г. приход Св. Петра пригласил на пасторское служение А. Ф. Бюшинга
(1724–1793) во время его пребывания в Петербурге в свите датского посланника. Антон Фридрих Бюшинг, получив образование в Галле, преподавал философию и теологию в университетах Галле и Геттингена. В Петербурге он, наряду с проповедничеством, занялся реорганизацией школы при церкви, в которой учились дети из немецких, голландских, датских и немногих русских семей. В программу обучения были введены естественные науки, русский язык, занятия по искусству. При Бюшинге школа выдвинулась в число лучших в городе, получила ряд привилегий, закрепленных в 1764 г. грамотой императрицы Екатерины И. Впоследствии она получила право надзора за школами российских немецких приходов и статус «Нормальной народной школы» (1783). После отъезда из Петербурга ученый предпринял издание «Истории евангелически-лютеранских общин в России», положившей начало изучению российского протестантизма, которой впоследствии занимались преимущественно исследователи из числа служившего в Петербурге протестантского духовенства.При образовании лютеранских и реформатских приходов на территории города преобладали центробежные тенденции. По мере прироста населения в различных кварталах столицы, а также при государственных учебных заведениях, в больницах, приютах, в частных особняках учреждались церкви и молитвенные залы для лютеранских богослужений на немецком языке. В центре города действовала совместная шведско-финская община; после многолетних конфликтов, которые решались в Юстиц-коллегии, община разделилась. Общий деревянный храм, освященный в 1745 г. во имя Св. Анны (покровительницы императрицы Анны Иоанновны, подарившей общине участок на Большой Конюшенной улице), отошел к финнам. Обветшавшее здание было заменено каменным, и при его освящении лютеранский генерал-суперинтендант Томас Фридрих Теодор Райнботт
произносил речь на финском языке. Новую финскую церковь освятили во имя Св. Марии.Собственная церковь для шведов, выстроенная на Малой Конюшенной улице при активной хозяйственной деятельности пастора Исаака Хоугберта
, была освящена во имя Св. Екатерины. Автором проекта постройки был архитектор Ю. М. Фельтен, строивший ее одновременно со зданием немецкой лютеранской церкви во имя Св. Екатерины на Васильевском острове. Он же был автором проекта нового здания для лютеранской церкви Св. Анны, возведенной в 1779 г. на месте деревянной церкви на Кирочной улице. Один из прихожан, архитектор Карл Андерсон, в 1863-65 гг. провел перестройку здания шведской церкви.Среди пасторов шведской лютеранской церкви Св. Екатерины яркой личностью был Эрих Густав Эрстрём
(1791–1835). Эрстрём, получивший образование в университетах Або и Москвы, был глубоким почитателем русской культуры. Он оставил яркие воспоминания о пережитом им нашествии Наполеона на Москву. Получив известность как один из первых скандинавских славистов, он отстаивал правомерность использования финского языка в качестве официального языка нации, что не признавалось в шведском королевстве. Составленное им «Историческое описание шведско-финской общины Петербурга» (1829) отличается тщательной разработкой историкоэтнографических проблем. Его идея о том, что национальный язык — это часть гражданского просвещения народа, сыграла важную роль в укреплении финской национальной культуры в России.Вопрос о необходимости подготовки духовенства для проведения лютеранских богослужений на эстонском языке обсуждался в Юстиц-коллегии около 1787 г., и такие службы проводились ранее в церкви Первого кадетского корпуса, а также для членов эстонской общины. На этой территории сложился эстонско-латышский приход, для нужд которого возвели храм, освященный в 1839 г. во имя Св. Михаила — патрона великого князя Михаила Павловича. Для петербургских латышей богослужения на родном языке проводились в ряде ведомственных и приходских церквей, к 1817 г. у них появился собственный храм на Загородном проспекте. Специальным распоряжением Николая I пастор Георг Пауль Эрнст Райнфелъдт
был обязан с 1839 г. обеспечивать проведение богослужений на эстонском и латышском языках для гражданского и военного населения столицы.Тенденция к объединению в сфере социальной деятельности среди лютеран сказалась в создании в течение 1845–1859 гг. кассы взаимопомощи лютеранских общин России с центром в Петербургском округе. Из средств кассы финансировались многие благотворительные учреждения и различные направления религиозно-просветительской деятельности.