Книга следует принципу непротиворечивого сочетания ряда истин. Здесь все темы равно важны, ни одна не является более важной, чем другая. Столь же строго выдержана логика в догматах, среди которых нет главных или второстепенных. Догматы о первородном грехе, о Троице и телесном воскрешении отстаиваются от самой разнообразной критики. Кальвин подчеркнул догматическое единство с Лютером, подписав «Аугсбургское исповедание веры». Формулировки Кальвина учитывали идеи Лютера об оправдании верой, поврежденности человеческой природы и Христе как Спасителе и Посреднике. Положения о благодати Святого Духа, о значении божественного Слова и таинств в достижении спасения у них также общие. Расхождения между основоположниками двух протестантских церквей (по поводу мистерии воплощения тела Христа в евхаристии и проблем церковного строительства) не отражены в книге, которую можно считать энциклопедией протестантского миросозерцания своего времени.
В повседневной жизни верующего католика церковные нормы практически были необременительными. По сравнению с ними правила религиозной и гражданской жизни у протестантов были несравненно более тягостными, требуя возродить евангельские образцы. Однако возможно ли, чтобы нравы христианина абсолютно и полно соответствовали Евангелию?
Нет — утверждает «Наставление в христианской вере». Между евангельским идеалом и реальным человеком пролегла пропасть. Среди алчных и властных, как и среди бедных и убогих, нет ни одного, кто хотя бы отдаленно приблизился к совершенству и, если бы церковь требовала этого, она осталась бы без верующих. Очевидно, что заповеданное Богом совершенство означает поставленную Им цель.
Достичь этой цели, полагаясь на себя, своим трудолюбием или смекалкой человек не может, ведь об этом свидетельствует реальная жизнь. Вокруг нет ни мира, ни покоя, ни справедливости: нечестивцы правят богатейшими государствами, а борцы за евангельский идеал терпят гонения. Согласно Кальвину, зло жизни — войны, нищета, семейные горести, болезни и смерть — допущено свыше. Одновременно жизнь является благом, дарит человека многими утехами и наслаждениями, и христианин имеет право наслаждаться земными благами. Поэтому неправ Августин с его концепцией брака, неверна доктрина целибата, напрасны аскетические подвиги святых. Христианину важно самому найти меру, чтобы наслаждаться дарами Бога, не допуская свободы желаний.
Богатство, достаток, комфорт сами по себе не являются источниками злоупотреблений, и выбрасывать сокровища в море, как это делали древние, неразумно. Не беря греха на душу, христианин не может отказаться от благ, украшающих жизнь, если они ему даны. Во избежание хаоса в христианском сообществе или моральной неуверенности в себе верующим рекомендуется разрешать себе наименьшее из того, что будет для них возможно. Таким образом, реформатор выдвигает идею нравственного закона, которого в природе нет, но его можно обнаружить в сердце христианина и в Писании.
Мысль о том, что жизнь христианина развивается как приращение христианских добродетелей в противоборстве верующего человека со своим природным началом, была близка Лютеру. Он полагал, что в каждом человеке Христос изгоняет Адама день ото дня, прибавляя истинной веры. Мистические чувства слияния с Христом, осознание верующих как членов единого тела Христова вдохновлялись Писанием, которое учит предоставить свои тела в жертву Богу, посвятить себя Богу, говорить и поступать во славу Его.
Говоря о состояниях Христа больше, чем об отдельных поступках, Кальвин подчеркивал мистико-эсхатологические аспекты темы подражания Христу: участвуя в Его страданиях, умирать вместе с Ним, чтобы воскреснуть и войти в Его блаженную вечность. В «Наставлении» мы обнаруживаем картину, которую столетием раньше создал
Благодаря кресту верующие учатся жить не согласно своему разуму, желаниям, воле, а по предначертаниям свыше. Подвергая людей крестным испытаниям, Бог действует как целитель рода человеческого, и крест положено нести каждому. Высшая степень в иерархии крестных испытаний — это терпеть гонения во имя справедливости.