Земли провинций Нидерландов (включавшие территории современных Бельгии и Голландии) издавна пользовались автономией в составе австро-испанской Империи Габсбургов. Было немало общих черт в цивилизации Нидерландов и Швейцарии, между городами этих стран сложились устойчивые религиозные контакты. Они способствовали появлению в Нидерландах лютеранских, анабаптистских и кальвинистских общин, с которыми монархия вела жестокую борьбу. Инквизиции здесь приходилось работать больше, чем в Испании, и количество мучеников — задушенных, обезглавленных, зарытых в землю и сожженных протестантов — Гуго Гроций определял в 100 000. Испанская королевская власть назначила смертную казнь мирянам за чтение Писания и участие в обсуждении его спорных проблем. Такие же казни следовали за порчу предметов с изображениями Богоматери и святых — самых ненавистных для протестантов воплощений «римского идолопоклонства».
Одновременно были повышены требования к католическому духовенству, которое обязано Богом бдительно стеречь свою паству в лоне той религии, которую исповедует король. Филипп II поучал своих наместников рассуждениями о том, что «если нет епископа — нет и короля», настаивая на уже невыполнимой задаче искоренения врагов католической церкви в Нидерландах.
В 1556 г. было выработано кальвинистское «Вероисповедание нидерландских церквей», дворяне и горожане, хорошо знавшие французский язык, охотно изучали «Наставление» Кальвина, а сыновья знатных семейств отправлялись учиться в Женеву. В Антверпене, центре экономической жизни страны, и в крупных промышленных городах и портах развернулась пропаганда кальвинистского вероучения. Принимавшие его люди называли себя
Постепенно основной боевой силой сопротивления испанцам стали
Образец коллективного самопожертвования во имя веры дали жители г. Лейдена, которые погибали, осажденные испанцами в течение четырех месяцев в 1574 г. Не согласившись на предложенную амнистию, они открыли шлюзы, и город был затоплен волнами моря, но победа не досталась папистам.
После Варфоломеевской ночи в Нидерланды хлынули французские гугеноты, и при дворе Вильгельма Оранского радостно были приняты теоретики тираноборчества. Здесь они работали над созданием протестантского государства, которое не смогли основать во Франции. Благодаря их вмешательству борьба между Голландией и Испанией приняла характер соперничества двух политико-религиозных концепций. Принципу государственной религии в абсолютной монархии был противопоставлен принцип свободного выбора вероисповедания. Принц Оранский отмечал в 1577 г., что в ряде провинций люди не слишком фанатично преданы протестантизму и признают, что каждый может выбирать себе религию и служить своему Богу по велению голоса своей совести. Делегаты Генеральных штатов заявляли в 1579 г. представителю короля Филиппа II, что только Бог повелевает совестью людей. Если государь упорно желает поработить своих подданных, народ имеет право низложить его и призвать на помощь соседних государей. При этом магистраты в отвоеванных у испанцев городах запрещали католические богослужения, опасаясь восстановления католической религии.
Нидерланды распались на две политико-религиозные партии — католически-лояльную и кальвинистско-республиканскую. На севере сложилось новое государство, которое возглавлял штатгальтер принц Оранский. Оно было узаконено по перемирию от 9 апреля 1609 г., согласно которому король Филипп III признал Соединенные провинции Голландии (семь торгово-промышленных провинций) свободными штатами без каких бы то ни было претензий со стороны испанской короны. Бельгия по Вестфальскому мирному договору 1648 г. осталась в составе испанских владений и сохранила католицизм.