Среди пуритан постепенно усиливалось влияние идеи о том, что в церковных общинах не должно быть никакой разницы между проповедниками и мирянами, которым также дано толковать Слово Божье. Ее отстаивали индепенденты (от англ. independent — независимый), считавшие каждую общину независимой. Их численность, несмотря на казни, неуклонно возрастала. Они обвиняли в деспотизме не только епископат государственной англиканской церкви, но и синоды кальвинистской пресвитерианской церкви. Ни единой национальной церкви, ни податей на содержание духовенства, как они полагали, нынешним христианам не нужно точно так же, как в первых христианских общинах. Духовенство должно жить трудом своих рук, школы должны быть не церковными, а должности в государстве могут занимать люди различных религиозных убеждений — с такими взглядами боролась против монархии Стюартов республиканская партия индепендентов.
Индепенденты — термин, имевший преимущественно политическую окраску, в церковном аспекте они были конгрегационалистами, последователями
Роберт Броун был вынужден возвратиться в англиканскую церковь. Его единомышленники, после того как двое из них были повешены, эмигрировали в Голландию. Конгрегационалисты с 1616 г. имели свою церковь в Лондоне, позже такие церкви появились в различных местностях Англии в период борьбы парламента с абсолютизмом. В республиканской Англии конгрегационализм получил официальное признание, а в период протектората Ричарда Кромвеля был подготовлен проект объединения их с пресвитерианами. «Декларация о вере и организации согласно практике конгрегационалистских церквей Англии» выражала согласие с принятым в 1647-48 гг. на ассамблее пресвитериан Вестминстерским исповеданием веры, но требовала сохранения своей церковной системы, полностью отрицая роль государства. Конец преследованиям конгрегационалистов в Англии наступил в 1688 г., и лишь в XVIII в. им были дарованы полные политические и религиозные права.
Социальные столкновения в Англии при Стюартах, приведшие к гражданской войне и революции, происходили как конфликты вероисповеданий. Королевская власть требовала конформизма (от англ. conformity — подчинение), соблюдения уставов англиканской церкви, но ее действия сплотили религиозную оппозицию противников католицизма и англиканства — нонконформистов.
Яков I, на законном основании ставший королем Англии, Шотландии и Ирландии, крайне разочаровал подданных религиозной политикой. С одной стороны, были приняты строгие законы против католиков, которые пытались взрывом здания парламента покончить с королем, его шотландскими любимчиками и парламентом. С другой стороны, были усилены гонения на пуритан и на парламент, где их было немало. Король хотел от парламента, чтобы он вотировал новые налоги, а парламентарии занимались совсем другим. Они принимали пуританские законы о строгом праздновании воскресного дня, восстановлении прав проповедников и проклинали папистов. Карл I Стюарт, столкнувшись с отказом парламента подчиняться королевским чиновникам, распустил его, но затем не смог править без парламента.
В Шотландии король подчинил пресвитерианскую церковь судебной власти епископов и потребовал проводить англиканскую литургию. При первом же ее проведении в кафедральном соборе Эдинбурга верующие с криками «Папа — Антихрист! Бейте его камнями!» бросились на епископа и сорвали богослужение. Представители дворянства, духовенства и городов подтвердили договором от 1 марта 1638 г. верность Ковенанту — союзу нации по защите пресвитерианской церкви. После этого синод в Глазго, обвинив всех епископов во множестве грехов — от ереси до разврата и пьянства, — отменил епископат. Это был открытый мятеж против короля.