Рассматривая соотношение истин Ветхого и Нового Заветов, Уильямс занял позицию, противоположную пуританизму. Для него Ветхий Завет означал дохристианский мир. Он писал, что церковь должна строиться с учетом пророков и апостолов, но основа христианской религии — Христос; Его личность, речения и поступки являются для церкви законодательством. Государство Израиль, деятельность его царей и народа во время войны и во время мира — это не более чем символический и церемониальный образец, который не является примером для подражания какому-либо королевству или светскому государству в любой части света. Он утверждал, что Бог не требует, чтобы в светском государстве насаждалось единоверие, поскольку оно рождает фарисейство, преследование Иисуса Христа в лице его слуг, ведет к гражданской войне и гибели миллионов душ.
Английский парламент, который в это время контролировался пресвитерианами, попытался было наказать автора и издателя, но они уже уплыли в Америку. Тогда парламентарии предписали произвести публичное сожжение книги, обвинявшейся в пропаганде «терпимости по отношению ко всем видам религии».
Уильямса избирали губернатором, а позже президентом колонии Род-Айленд, которая обязалась следовать законам Англии, но в пределах, которые допускают местные условия и местные законодательные акты. Общее ежегодное собрание принимало решения по вопросам, обсуждавшимся на поселковых собраниях. Провозглашалась демократия как форма управления, т. е. согласие всех или большинства свободных жителей. Несмотря на имеющиеся различия в понимании христианской веры, каждому человеку предоставлялось полное право пользоваться законными правами и свободами.
Общее собрание колонии утвердило свод местных законов (1647), которые устанавливали равно обязательные для всех нормы поведения и наказания. Все, что не было запрещено, каждый человек мог делать по своему разумению, «каждый во имя своего Бога». Жестокие наказания, практиковавшиеся в других колониях Новой Англии, отсутствовали. Никаких наказаний или предписаний по поводу образа мыслей, убеждений и религии в законах Род-Айленда не содержалось. Основатель колонии гордился, что здесь были такие свободы, которых до сих пор не знал ни один народ под небесами, — она была избавлена от ига волков-епископов, новых цепей пресвитерианских тиранов и «сверхжгучего огня так называемых благочестивых христианских магистратов». Местные законы о свободе вероисповедания подразумевали свободу для христиан и, главным образом, для протестантов, но в колонии беспрепятственно были приняты и евреи, которым въезд в английские владения по законам метрополии был запрещен.
После свержения монархии в Англии колонисты дали присягу быть верными подданными Английской республики. Разрешить проблемы правового положения колонии Уильямсу помогла личная беседа с Оливером Кромвелем, который, как писал священник, проявил «высокий дух любви и доброты».
Произведения Уильямса и гуманные законы Род-Айленда не давали покоя пуританским ортодоксам, которые обрушили на его голову поток обвинительных сочинений, издававшихся в Лондоне. Как и в колониях, в республиканской Англии пуританские священники призывали к ограничению веротерпимости, к превращению пуританизма индепендендентского толка в государственную религию. Приехав в Лондон в 1652 г., Уильямс вновь вступил в борьбу с ортодоксами, выпустив книгу «Еще более кровавый догмат», отвечавшую на обвинения Джона Коттона. Здесь излагался опыт борьбы за веротерпимость, демократическое законодательство и нормы общежития в колонии Род-Айленд. Одновременно это был и опыт его личной христианской веры. Исходя из того, что конечная истина принадлежит Богу, он старался приблизиться к ней через Священное Писание, в котором Ветхий Завет давал поучительные, но неутешительные примеры. Путь к истине, примирению и милосердию указывал в Новом Завете Христос.
Роджер Уильямс предсказывал поражение пуританской ортодоксии, нетерпимой к религиозной инициативе квакеров. Он сам не одобрял жертвенного порыва квакеров, считал его грехом гордыни. Труды Джорджа Фокса не казались ему убедительными, и он подверг их критике в достаточно резком тоне. Пренебрежение квакеров традиционными нормами поведения казалось священнику вызывающим. Он беспокоился и о том, чтобы постулат пацифизма не помешал участию поселенцев в защите колонии. Однако как президент колонии Род-Айленд, Уильямс никогда не отступал от принципа «что не запрещено законом, то дозволено».
В общественной жизни и в размышлениях о религии Роджер Уильямс отстаивал принцип свободы совести как неотъемлемое право каждого человека, далеко опережая свое время.