Между тем с середины XIX в. в протестантских странах стали регулярно возникать межконфессиональные группы для миссионерской работы и для работы с молодежью. В 1844 г. возникла «Христианская ассоциация молодых людей», в 1855 г. «Христианская ассоциация молодых женщин»; «Всемирная студенческая христианская федерация» и «Всемирный миссионерский комитет» были учреждены в 1910 г. Их успехи по привлечению людей к религиозному просвещению наглядно показывали, что конфессиональная раздробленность является опасным для христианского сообщества состоянием: она ставит под сомнение религиозные убеждения вообще, является «соблазном веры».
Экуменизм отчетливо проявился в координации протестантской миссионерской деятельности. Миссионеры из разных протестантских конфессий в колониях обращали в христианскую веру туземное население, действуя солидарно. Одну из первых миссионерских групп послали в 1732 г. гернгутеры в Северную Америку к неграм-рабам и эскимосам. К ним присоединились методисты. С 1792 г. началась миссионерская деятельность баптистов. Первое миссионерское соглашение между различными конфессиями заключили в Лондоне в 1795 г. англикане, пресвитериане и конгрегационалисты. В течение XIX в. были учреждены «Берлинское миссионерское общество» (1824), «Рейнское миссионерское общество» (1824), «Северогерманское миссионерское общество» (1828), а также союзы миссионеров в Швейцарии, Голландии, Швеции. В США миссионеры создали около 150 миссионерских обществ.
Особая активность характеризовала экуменистов в деле распространения Библии. Первые библейские общества появились в Англии еще в конце XVII в., а в 1804 г. возникло «Британское и иностранное библейское общество», оно стало играть ведущую роль среди библейских обществ других стран. Библейские общества объединяли ученых, занимавшихся исследованиями текстов Библии и переводами на все языки мира, ведали изданиями и распространением, в том числе бесплатным и по низким ценам. С целью удовлетворения запросов членов различных конфессий издавались тексты Библии, которые были приемлемы для всех христиан. В итоге Библия была переведена более чем на 1250 языков мира и регулярно издавалась шрифтом Брайля. В продолжение этой традиции в конце XX в. тираж был доведен до 8 млн экз. в год, из которых почти 1,5 млн раздавались бесплатно.
Тенденция к преодолению конфессиональной множественности протестантизма обнаружилась в создании союзов, которые координировали деятельность сторонников одного и того же вероучения, состоявших в различных церковных организациях. В 1867 г. впервые на конференцию в Ламбетском дворце собрались англиканские епископы пяти континентов. В 1875 г. был основан Всемирный союз реформатских церквей. Объединение ряда самостоятельных национальных церквей одного исповедания в международном масштабе выразилось также в создании Методистского всемирного совета, Лютеранского всемирного союза и др.
Тенденция к межконфессиональному сближению проявилась и в пределах национальных государств, в особенности после окончания Первой мировой войны. В 1925 г. в результате слияния пресвитерианской, методистской и конгрегационалистской церквей Канады возникла Объединенная Церковь Канады. В 1929 г. в Шотландии произошло объединение Церкви Шотландии со Свободной Церковью. В ряде стран было достигнуто полное или частичное объединение группировок, на которые распадались отдельные конфессии, например в 1931 г. объединились методисты Англии.
После завершения Второй мировой войны межконфессиональное сотрудничество продолжало укрепляться. В 1947 г. возникло объединение церквей Южной Индии, в которое вошли все евангелические конфессии, за исключением лютеранской. Также приверженцы протестантизма объединились в Японии, усилилось стремление к межконфессиональному сближению «молодых церквей» Африки и Азии. В США свыше сорока протестантских и православных объединений вошли в экуменическое содружество — «Национальный совет Церквей Христа».
Событием, которое считают началом экуменического движения в XX в., считается Всемирная миссионерская конференция в Эдинбурге в 1910 г. Она проходила под председательством представителя американской методистской церкви