Почти с годовым отставанием 10 марта 1963 г. ППС «Беркут» в неполной комплектации (без ЦВМ) установили на самолет, отработку отдельных блоков продолжали на Ил-18. На этом этапе произведено 147 полетов с налетом 369 ч только на Ил-38. Столь большой налет свидетельствует, что потребовалось много усилий и немало нервов. Существенную помощь оказывал экипаж майора А. П. Шарапова из 33 Центра.
После установки на самолет ЦВМ испытания продолжили в соответствии с приказом главкома ВВС, председателя ГКАТ и председателя ГКРЭ от 15 сентября 1964 г. К ним приступили 2 октября и закончили 28 ноября. Произведено 19 полетов с налетом 61 ч 40 мин. Они показали, что ППС далека от состояния, обеспечивающего выполнение заявленных технических и летно-тактических характеристик. Практически в каждом полете происходили отказы ЦВМ, которая объединяла основные элементы системы «Беркут».
Сокращению сроков испытаний на данном этапе существенно способствовал разработанный офицерами 33 Центра В. В. Ачкасовым, О. К. Денисенко и Магадеевым гидроакустический полигон – моделирующее устройство, имитирующее работу ненаправленных и направленных буев, обеспечивающее отработку задачи поражения по цели на сухопутном полигоне с применением бомб. Создателей устройства, сэкономившего много времени и средств, поощрили «по-царски», выдав по триста рублей каждому, а также и примкнувшим к ним.
Государственные совместные испытания самолета Ил-38 проводились в соответствии с поручением заместитель председателя Совета Министров СССР Л. В. Смирнова от 8 февраля 1965 г. и совместным решением ВВС, МАП и МРП, принятым 3 марта 1965 г.
Они начались 6 июля и закончились 15 декабря 1965 г. В процессе их произведено 87 полетов с налетом 348 ч 43 мин, в том числе на доводку системы «Беркут» и отработку магнитометра АПМ-60.
На этот этап самолет передали с двумя сотнями замечаний. Бригаду НИИ ВВС, ответственную за испытания, возглавлял инженер-полковник О. А. Вороненко, ведущий инженер по противолодочному комплексу инженер-подполковник А. К. Кирюхин.
Полеты выполняли ведущие летчики: старший летчик-испытатель 3 Управления 8 ГНИКИ ВВС полковник С. М. Сухинин, старший летчик-испытатель того же Управления инженер-подполковник Кузьменко; от ОКБ-240 ГКАТ ведущий летчик-испытатель В. К. Коккинаки; летчик-испытатель А. Н, Тюрюмин.
Конечно, результаты отработки ППС меньше всего зависели от летчиков, чего нельзя сказать о инженерах и штурманах-испытателях подполковниках Москаленко, Мелехина, Воронова, майора Лицмана, на которых пришлась основная нагрузка.
В Акте по результатам испытаний несмотря на значительные затраты времени отмечено довольно много существенных недостатков. Только в перечень № 1 (подлежащие устранению до начала эксплуатации самолета) вошло 96 пунктов.
Наработка ППС «Беркут» на отказ по данным испытаний составила 6 ч. Отмечен высокий уровень шумов в кабине экипажа, существенно превышавший установленный ОТТ-58. Факт достаточно неприятный для самолета с большой продолжительностью полета, и вероятнее всего это явилось следствием переноса крыла, а следовательно, и двигателей вперед на 3 м. Причем на рабочих местах летчиков уровень шумов оказался существенно ниже, чем у операторов,
Далее в Акте отмечено немаловажное обстоятельство: «Разработка самолета Ил-38 с автоматизированной поисково-прицельной системой «Беркут» с применением ЦВМ явилась первым опытом работы нашей промышленности по созданию современных авиационных противолодочных комплексов, значительно повышающих боевую эффективность противолодочной авиации по борьбе с атомными подводными лодками. Самолет Ил-38 по своим летн о -тактическим характеристикам, составу средств поиска и поражения, эффективности не уступает самолету «Орион», за исключением дальности полета».
Ради объективности следует отметить, что Ил-38 уступал «Ориону» по всем основным характеристикам, а тем более по поисковым возможностям. Ссылка на первый опыт может истолковываться по-разному: и как достижение, и как необходимость отнестись более снисходительно к разработчикам, поскольку, не имея опыта, они могли что-то недосмотреть. Следует отметить одно немаловажное обстоятельство относительно степени автоматизации решения противолодочных задач. Система «Беркут» решала только задачи самолетовождения, маневрирования в тактическом районе, обработку вторичной информации от буев, выработку прицельных данных и другие. Но выполнение наиболее сложной задачи, а именно, классификации контакта с целью, система не обеспечивала, и достоверность ее решения полностью зависела от опытности экипажа.