Цели Союза независимых государств (СНГ) не были четко определены, отсутствовали совместные органы, способные реально выполнять объединяющие функции (как в Европейском Союзе). Ряд государств, в первую очередь Украина, вообще рассматривали СНГ как орган, должный обеспечить «цивилизованный развод» бывших республик СССР. Острые проблемы возникли уже в ходе раздела вооруженных сил и вооружений бывшего СССР. Воинские части, за исключением стратегических ядерных сил, переподчинялись тому государству, на территории которого они располагались. Сразу же возник конфликт между Россией и Украиной по поводу Черноморского флота. Президент Украины Л.М.Кравчук перевел все вооруженные формирования, дислоцируемые на территории Украины, в том числе и флот, под ее юрисдикцию. Россия заявила, что Черноморский флот принадлежит ей. Начался стихийный раздел флота. Этот конфликт осложнился вопросом о статусе города Севастополя. Ряд политических деятелей России стали оспаривать законность передачи в 1954 году Украине полуострова Крым. После долгих переговоров в июне 1995 года Президентами двух стран было подписано соглашение о разделе флота в пропорции 2:1 (две трети – России, одна треть – Украине). В этом процессе довелось поучаствовать и автору данной работы вместе с министром по делам СНГ А.Г.Тулеевым при отстаивании Севастополя как главной базы Черноморского флота России.
Встал вопрос о разделе ядерных вооружений бывшего СССР, размещенных на территориях России, Украины, Белоруссии и Казахстана. Белоруссия и Казахстан сразу заявили о своем статусе неядерных держав, Украина же объявила себя собственником ядерного оружия, расположенного на ее территории. Только после давления со стороны США, она отказалась от претензий на то, чтобы остаться ядерной державой в обмен на обязательство России поставлять обогащенный уран для украинских АЭС. (А.Сидорчик. Вашингтон не разрешает. Как Украина перестала быть ядерной державой. Аргументы и факты от 06.12.2018).
Торговля между Россией и странами СНГ велась в значительной части в кредит, который предоставлял Центральный банк России. Кредиты были беспроцентными или под очень низкий процент, что в условиях инфляции было крайне невыгодно России. В июле 1993 г. Россия ввела новый российский рубль, что привело к распаду единой рублевой зоны. Это вызвало гиперинфляцию в странах СНГ, экономический кризис и распад единого экономического пространства.
Российское руководство установило экономические границы, выставило таможенные посты. Делалось это для того, чтобы оградить российские предприятия от конкуренции товаров «ближнего зарубежья». Но в результате Россия понесла большие политические потери. Она потеряла свободный выход к рынкам Европы и Центральной Азии и вынуждена была платить за транзит своих товаров через территории государств СНГ. Сокращение товарооборота со странами СНГ привело и к переориентации их экономик на сотрудничество с другими партнерами. Доля стран СНГ во внешнеторговом обороте России сократилась да 25%.
Важной проблемой для России стала проблема беженцев. В результате распада СССР за пределами России оказалось более 25 млн. русских. Страны Балтии открыто взяли курс на вытеснение русских, проводя эту политику на государственном уровне. В Латвии, например, не владеющие языком коренной нации, не являлись гражданами, не могли избирать и быть избранными, владеть недвижимостью, занимать ряд государственных должностей. Этнические проблемы остро встали в Киргизии, Молдове, Казахстане и др. Началось переселение этнических русских и представителей других российских национальностей в Россию. Возникли проблемы с жильем и трудоустройством беженцев.
Постепенно в странах СНГ усиливаются тенденции к установлению более тесных отношений с Россией. Весной 1996 года в рамках СНГ было подписано соглашение о более тесной интеграции четырех его участников – России, Белоруссии, Казахстана и Киргизии, весной 1998 года к ним присоединился Таджикистан. В декабре 1999 года был подписан договор об сближении Белоруссии и России. Согласно договору оба государства сохраняли свой суверенитет, но создавались межнациональные органы, которым делегировался ряд полномочий.