Приход к власти Маклакова и Джунковского лишь усугубил ситуацию. Не разбираясь в вопросах розыска, министр доверил все своему заместителю, который был также совершенно некомпетентен в работе политического сыска. Проведенные Джунковским реформы нанесли тяжелый удар по безопасности политического режима. Были ликвидированы доказавшие свою эффективность органы сыска, в разы сокращено финансирование политической полиции, ослаблены аналитические структуры, разгромлено сильнейшее Петербургское охранное отделение и связанные с ним структуры, уволены талантливые руководители полиции (С. П. Белецкий, С. Е. Виссарионов, М.Ф. фон Котен). Было произведено численное сокращение агентуры – как филёров, так и секретных сотрудников. Заморожена работа на наиболее новых и перспективных направлениях сыска: контроль над армией, введение превентивных методов борьбы, выработка мер по предотвращению революции. Наконец, в рамках обсуждения в комиссии Государственной думы реформы полиции Джунковский поддержал идею снятия с жандармерии права дознания по государственным преступлениям и передачу функций политического сыска общей полиции или юристам. Реализация этой меры могла привести к полной ликвидации системы органов государственной безопасности, превращению их остатков в фарс. Преобразования в сыске были приостановлены в связи с провалом проекта реформы полиции в Думе.
Джунковский на посту товарища министра внутренних дел и командира корпуса жандармов руководствовался, прежде всего, принципом бюрократического лавирования, идя на беспрецедентные уступки различным силам – губернаторам, парламентской оппозиции и военным. Джунковский сломал сложившуюся в 1902–1912 гг. систему политического розыска, но не создал (или не успел создать) ничего ей на замену. Основной целью его было ослабление департамента полиции и вообще сыскных структур. Несмотря на то что отдельные его преобразования логично вписывались в общую направленность работы сыска предыдущих лет, большинство из них ломали только формирующиеся и набирающие силу структуры.
Крупнейшей ошибкой с точки зрения безопасности политического режима была ликвидация секретной агентуры из нижних армейских чинов. В 1910‐е гг. изменилась тактика революционеров в армии. Если ранее целью организаций было проведение выступлений в воинских частях, то теперь эсеры и социал-демократы полагали необходимым создавать постоянные мощные ячейки, которые должны были концентрировать силы, но не проводить единичных акций, а ориентироваться на всеобщее восстание в стране. Расчет состоял в том, чтобы начать мятеж в тот самый момент, когда войска понадобятся властям для подавления народных выступлений. Система военной агентуры к 1913 г. была еще слаба и мало развита за исключением отдельных управлений, она только создавалась, и ее запрет ослабил обороноспособность режима перед угрозой надвигавшейся революции. Реформа была проведена вопреки воле военного руководства и департамента полиции. Несмотря на то что летом 1916 г. агентура была возрождена, это было результатом вынужденной уступки со стороны командования армии. Восстановление произошло только в тыловых районах, в то время как Петроградский гарнизон формально относился к театру военных действий и политический сыск был не в состоянии полноценно его контролировать, даже не был подробно осведомлен о настроениях в нем.
В 1912–1913 гг. накануне назначения Джунковского руководство полиции и жандармерии пришло к двум важным выводам: революция в виде массового вооруженного восстания неизбежна и состоится в ближайшие годы; она может произойти при активном участии и поддержке войск – не только нижних чинов, но и офицерского состава, по типу революций в Турции (1909 г.) и Португалии (1910 г.). В связи с последним наибольшее опасение вызывала так называемая «младотурецкая» группа генералов, находящаяся в тесном контакте с Государственной думой и лично А. И. Гучковым. Опереться на общество становилось сложно в силу оппозиционности самодержавному режиму значительной части образованного населения империи.