Недолго, таким образом, продолжалась жизнь протопопа в Москве, немного пришлось ему и ратовать здесь за старую веру. Через какие-нибудь шесть месяцев свободной жизни уже начиналась для него далекая ссылка, снова глянула ему в глаза северная зима с ее морозами и вьюгами, с ужасами дальнего и тяжелого пути. Перед ними дрогнуло сердце даже этого закаленного в бедствиях человека, и из его усталой груди в первый и в последний раз вырвалась мольба о пощаде. С дороги, из Холмогор, он отправил к царю новую челобитную, не поднимавшую уже никаких общих вопросов; “Христолюбивому государю, царю и в. кн. Алексею Михайловичу, – гласило это короткое послание, – бьет челом богомолец твой, в Даурех мученой протопоп Аввакум Петров. Прогневал, грешной, благоутробие твое от болезни сердца неудержанием моим, а иное тебе, свету-государю, и солгали на меня, им же да не вменит Господь во грех! Помилуй, равноапостольный государь-царь, робятишек ради моих умилосердися ко мне! С великою нужею доволокся до Холмогор; а в Пустозерской острог до Христова Рождества невозможно стало ехать, потому что путь нужной, на оленях ездят. И смущаюся грешник, чтоб робятишки на пути не примерзли с нужи”. Прося позволения остаться в Холмогорах или в каком-нибудь другом, не столь далеком, как Пустозерск, месте, Аввакум заканчивал челобитную горьким воплем измученного страдальца: “И в Даурской земле у меня два сына от нужи умерли. Царь-государь смилуйся”.
В конце ноября один из учеников Аввакума, юродивый Киприан, передал его челобитье государю. Не дремали и московские друзья протопопа. Дьякон Федор подал было челобитную об его освобождении царскому духовнику, но тот не принял ее и Федору “в глаза бросил с яростию великою”. Вернее оказался другой путь – через бывшего протопопа Ивана Неронова, теперь старца Григория. Этот путь был еще облегчен тем, что Алексей Михайлович не забыл о ссыльном протопопе и, чтобы иметь повод к смягчению его судьбы, “сам приказал старцу Григорию написать маленькую челобитную о свободе” Аввакума. 6 декабря Неронов и подал такую челобитную, в которой, оправдывая своего приятеля, просил не отправлять его в Пустозерск, а позволить поселиться вместе с ним в Игнатиевой пустыне на Саре. Эта просьба не была исполнена, но наказание Аввакуму все-таки уменьшили, отправив его лишь на Мезень, где он жил, пользуясь некоторыми удобствами и не подвергаясь особым стеснениям. Неизвестно, какие именно приказания даны были из Москвы насчет его содержания, но на деле он постоянно обменивался письмами со своими московскими единомышленниками, некоторые из них и приезжали к нему, а один даже жил у него около четырех недель.
В этих сношениях своих с московскими товарищами Аввакум особенно старался поднять ослабевшую в их среде бодрость духа. Сам он скоро оправился от первого впечатления неожиданной ссылки и возвратил себе всю присущую ему энергию, но на многих его единомышленников эта неудача попытки прямой борьбы с церковной иерархией произвела гораздо более подавляющее впечатление. Благодаря ей у многих из них поколебалась и вообще надежда на успешный исход немедленной борьбы и ослабело стремление к последней; многие даже из тех, которые перед этим сами деятельно вели пропаганду в интересах старой веры, теперь готовы были отступить от открытого столкновения с никонианами, опасаясь его невыгодных последствий, и, таким образом, среди раскольничьей общины в Москве взяла опять перевес партия более умеренных и осторожных людей, не желавших до поры, до времени заявлять о своем существовании. А между тем дело Аввакума вновь обратило внимание властей на ревнителей старины и вызвало усиленное их преследование. По этому поводу среди них началась распря, раздались жалобы на Аввакума, что он только вредит общему делу, дразня еретиков: некоторые, наиболее раздраженные, даже писали и говорили самому протопопу, что лучше было бы ему умереть в Даурии, чем приезжать в Москву. Ввиду такого настроения товарищей Аввакуму приходилось одновременно и возбуждать в них большую ревность к защите общего дела и оправдывать свои личные действия, и с этою целью он отправил в Москву послание “игумену Феоктисту и всей братии”.