По привозе Аввакума в Москву церковные власти попытались было склонить и его путем увещаний к примирению с церковью, но эта попытка не имела никаких результатов, и вслед за тем протопоп был отвезен в Пафнутьев монастырь, верст за 90 от столицы, и отдан там под начало. Время от времени сюда приезжали от собора духовные лица уговаривать Аввакума смириться и принести покаяние в своих заблуждениях. Но даже среди самих этих увещевателей находились порою люди, втайне разделявшие его взгляды и видевшие в нем мученика за истину, подражать которому они сами отказывались лишь по недостатку нравственной силы. Присланный от собора к Аввакуму ярославский диакон Козма перед людьми уговаривал его покориться, а наедине увещевал мужественно стоять за свои убеждения. “Протопоп! – говорил он в этих тайных беседах,– не отступай ты от старого того благочестия! Велик ты будешь у Христа человек, как до конца претерпишь! Не гляди на нас, что погибаем мы!” Аввакум, впрочем, и не нуждался в этих сочувственных советах и наставлениях, чтобы остаться верным своим взглядам. Все уговоры присоединиться к “никонианам” не производили на него никакого действия, на все доказательства несправедливости его мнений относительно порчи церковных книг и обрядов он отвечал упорными возражениями и бранью, и таким образом десять недель прошло в безуспешных попытках смирить непокорного протопопа путем словесных увещаний и монастырского начала, пока, наконец, власти не отчаялись в возможности прийти к какому-нибудь соглашению с ним. Его привезли обратно в Москву и 13 мая поставили на суд собора. Но и тут он, говоря словами официального акта, “покаяния и повиновения не принес, а во всем упорствовал, еще же и освященный собор укорял и неправославными называл”. Тогда собор постановил лишить его сана, и это решение было исполнено в тот же день: в соборной церкви Аввакум, вместе с диаконом Федором, был расстрижен и предан проклятию как еретик. И теперь еще он нашел себе защитников, даже в самой царской семье: царица Марья Ильинична пыталась отстоять его от предстоящего унижения, и по этому поводу было у нее “великое нестроение” с Алексеем Михайловичем, который не находил более возможным вступаться за протопопа. Однако окончательное решение судьбы Аввакума, равно как и других вождей раскола, было отложено до приезда патриархов, а пока постановили опять заключить его в монастырь. На этот раз местом такого заключения избран был Угрешский монастырь св. Николая, куда уже 15 мая и отправили Аввакума под конвоем стрельцов. При этом, опасаясь проявлений симпатий со стороны народа к расстриженному протопопу, его везли ночью и не прямой дорогой, а в объезд– “болотами да грязью”.
Опасения эти были не лишены основания. Не говоря о том, что и в самой Москве, и в ее окрестностях в это время было уже много явных и тайных раскольников, видевших в Аввакуме своего главного вождя, могучая фигура стойкого страдальца привлекала к себе порою сочувственное внимание даже лиц, не разделявших тех взглядов, за которые он выносил страдания. И среди начавшейся уже борьбы далеко не всем еще в обществе были ясны не только конечные ее результаты, но и глубокое различие боровшихся партий. Ввиду этого обстоятельства и люди, вполне искренне и сознательно ставшие на сторону никоновских реформ, могли, однако, находить у себя много общих точек соприкосновения с заклятым врагом Никона, Аввакумом, и видеть в последнем многие родственные себе черты. С другой стороны, многие из тех, которые ступили на путь реформ, толкаемые силою внешних условий, далеко не огляделись еще в новом своем положении и не разорвали всецело с прежним миросозерцанием, не отказались от многих входивших в его состав взглядов, ярким выразителем которых являлся Аввакум. При такой неустойчивости и неопределенности общественного настроения, при том условии, что резкое разделение на партии только еще начинало приобретать себе общее признание, популярность Аввакума, покоившаяся как на мужественном перенесении им гонений, так и на его нравственных качествах и строгой жизни, распространялась на обе партии, и ее не уничтожил и не замкнул в более определенные границы даже последний решительный шаг церковной иерархии по отношению к нему.