Это следствие не прошло безрезультатно и для самого Аввакума, вызвав новую перемену в его судьбе. Из Угрешского монастыря власти решили перевести его в более отдаленное место и пресечь возможность сношений его с поклонниками и пропаганды своих учений. С этою целью он уже 3 сентября отправлен был из Угреши опять в Пафнутьев, в Боровской монастырь, а игумену последнего послана была инструкция, заключавшая в себе следующие приказания: “Вы б его, Аввакума, приняли и велели посадить в тюрьму и приказали его беречь накрепко с великим опасением, чтобы он с тюрьмы не ушел и дурна никакова бы над собою не учинил, и чернил и бумаги ему не давать, и никого к нему пускать не велеть”. Первое время инструкция эта действительно исполнялась во всей своей строгости и монастырские власти в своем рвении дошли даже до того, что забили двери и окна темницы Аввакума. К счастию, – вспоминал он впоследствии, – нашелся “доброй человек, дворянин друг, Иваном зовут, Богданович Камынин, вкладчик в монастыре, и ко мне зашел, да на келаря покричал и лубье и все без указу разломал, так мне с тех пор окошко стало и отдух”. Но и после того суровость монахов к Аввакуму еще не исчезла, и даже в первый день Пасхи ему не позволили выйти и посидеть на пороге своей кельи. Впрочем, этого рвения хватило лишь на несколько месяцев. Среди монахов Пафнутьевского монастыря, как и в других кругах тогдашнего общества, не было прочной уверенности в неправоте Аввакума. Такую уверенность сообщали им лишь приказания высших церковных властей, но она, не будучи основана на прочном внутреннем убеждении, не могла успешно выдержать столкновения с убежденной проповедью и стойким мужеством протопопа. Последний в сознании монахов постепенно обращался из ослушника царской воли в мученика, терпящего за правду, и по мере того, как делало успехи такое представление, в монастыре нарастало сочувствие к Аввакуму и раскаяние в его притеснениях, тем более жгучее, что с ним, по понятиям века, почти неизбежно соединялось ожидание наказания за мучение праведника. Раз назревши, это настроение не замедлило проявиться и наружу, окруженное тем ореолом чудесного, который сопровождал в то время самые обыденные события человеческой жизни и тем более охотно соединялся со всякого рода нравственными потрясениями. Случилось одному из наиболее усердных притеснителей Аввакума в первое время, келарю Никодиму, заболеть, а затем увидеть сон, будто Аввакум исцелил его. Проснувшись и почувствовав себя действительно лучше, он немедленно отправился в темницу Аввакума, покаялся перед ним и, объявив, что он познал истину Аввакумова учения, просил совета, жить ли ему по-прежнему в монастыре или покинуть последний и уйти в пустыню. Аввакум не велел ему оставлять монастыря с тем условием, чтобы он, хотя в тайне, “держал старое предание отеческое”, и вместе запретил рассказывать про бывшее ему видение. Последнего приказания Никодим, однако, не исполнил и с тех пор характер содержания Аввакума существенно изменился: не только он не испытывал более притеснений от монахов, но и доступ к нему сделался, свободным. Из окрестностей сходились к нему люди за наставлениями и поучением; бывшие его ученики также не раз приходили и приезжали в монастырь, ища указания и советов у своего учителя в тяжелую годину борьбы. В числе других пришел к нему и юродивый Федор, бежавший из Рязани, куда он был отдан под начало архиепископу Иллариону, и просил совета: отдаться ли ему опять в руки никониан или скрываться и прекратить свой подвиг юродства, который мог обратить на него внимание. Аввакум посоветовал ему последнее.