Еще несколько времени держали их под стражей то в самой Москве, то в ее окрестностях, то в Угрешском монастыре, продолжая в то же время убеждать смириться и признать власть патриархов и собора. Наконец 5 августа в места заключения Аввакума, Лазаря и Епифания явились посланные от царя и собора архимандриты – владимирский Филарет, хутынский Иосиф и ярославский Сергий, для снятия окончательного допроса с узников. Последним предложены были три вопроса, ответ на которые должен был окончательно определить их отношение к церкви и представлявшей ее духовной и светской иерархии. Вопросы эти заключались в следующем: православна ли русская церковь, православен ли государь Алексей Михайлович и православны ли вселенские патриархи? В ответ на них Аввакум сказал: “Церковь православна, а догматы церковные от Никона еретика, бывшаго патриарха, искажены новоизданными книгами, – первым книгам, бывшим при пяти бывших патриархах, во всем противны, в вечерни, и в заутрени, и в литургии, и во всей божественной службе не согласуют. А государь наш Алексей Михайлович православен, но токмо простою своею душою принял от Никона, мнимаго пастыря, внутренняго волка, книги, чая их православны, не рассмотря плевел еретических в книгах внешних ради браней, понял тому веры и впредь чаю по писанному: праведник аще падет не разбиется, яко Господь подкрепляет руку его. А про патриархов слышал я от братии духовных, что у них в три погружения не крестятся, но обливаются по-римски, и крестов на себе не носят, и в сложении перст знаменующеся, слагая три персты, и Христово вочеловечение отмещут, и сие есть все не православно, но противно святой соборной и апостольской церкви”.
Приблизительно такие же ответы дали на допросе и сотоварищи Аввакума по заключению. Получив их, патриархи и собор подтвердили проклятие, возложенное на раскольников в предшествовавшем году, с оговоркой, что “та клятва и проклятие возводится ныне точию на Аввакума, бывшаго протопопа, и на Лазаря попа, и Никифора, и Епифанца чернеца Соловецкаго, и на Федора диакона и на прочих единомышленников и единомудренников и советников их, дондеже пробудут в упрямстве и непокорении”. После того, как учение их подверглось таким образом бесповоротному осуждению, оставалось решить судьбу его проповедников, и это решение должно было в равной мере зависеть как от духовной, так и от светской власти, одинаково теперь враждебных раскольникам.