В дальнейшем судьба ещё раз сведёт протопопа Аввакума и Артамона Матвеева — в далёкой пустозёрской ссылке, куда попавший в опалу ближний боярин будет сослан после смерти царя Алексея Михайловича по обвинению в колдовстве (читал «чёрную книгу») и в умысле на жизнь слабого здоровьем молодого царя Феодора Алексеевича. В отличие от несгибаемого духом Аввакума, Матвеев впадёт в глубокое уныние и будет постоянно «докучать» царю письмами с жалобами на тяжёлую жизнь, мелочно высчитывая, сколько денег отпускается на содержание «церковных мятежников», а сколько на его «благочестивую» персону. В 1682 году, после смерти царя Феодора, Матвеев будет возвращён в Москву, но здесь он встретит свою смерть — в Кремле во время народного восстания его сбросят на стрелецкие копья прямо на глазах его воспитанницы царицы Натальи Кирилловны и юного царя Петра…
Так и не добившись от «церковных мятежников» покаяния, Алексей Михайлович издал 26 августа 1667 года указ о ссылке протопопа Аввакума, священника Лазаря, симбирского священника Никифора и инока Епифания в Пустозёрск. На следующий день, 27 августа, Лазарю и Епифанию резали языки в Москве, «на Болоте». «Отцу Лазарю до вилок язык вырезан и старцу Епифанию такожде. И егда Лазарю язык вырезали, явися ему пророк Божий Илиа и повеле ему о истине свидетельствовати. Он же выплюнул изо уст своих кровь и начат глаголати ясно, и бодре, и зело стройне». Правая рука Лазаря вся была в крови, и когда его везли из Москвы через Калужские ворота, по Даниловскому мосту, мимо Симонова, Новоспасского и Андроникова монастырей, по Троицкой дороге в Братошино (Братовщино), по всему своему пути благословлял он народ окровавленной десницей.
В Братошине уже находился Аввакум, который спасся чудом — «лукавыя власти» сначала хотели его сжечь, даже «с сердца» написали приговор, но лишь благодаря очередному заступничеству его доброго ангела — царицы Марии Ильиничны — казни ему удалось избежать. Однако сам Аввакум искренне сожалел, что ему не довелось пострадать так, как пострадали его благочестивые соузники, о которых он пишет с восхищением, как о святых мучениках: «Аз же, грешный Аввакум, не сподобихся таковаго дара, плакал над ними и перецеловал их кровавая уста, благодарив Бога, яко сподобихся видети мученик в наша лета. И зело утешихся радостию великою о неизглаголанем даре Божии, яко отцы мои и братия, Христа ради и Церкви ради Христовы, — хорошо так! — запечатлели кровию церковную истину. Благословен Бог, изволивыи тако!»
30—31 августа всех осуждённых из подмосковного села Братошина повезли в Пустозёрский острог: «Таже, братию казня, а меня не казня, сослали в Пустозерье» … Везли на «ямских подводах», в сопровождении стрелецкого сотника Фёдора Акишева и десяти стрельцов приказа Василия Бухвостова.
Между тем работа Большого Московского собора 1666–1667 годов продолжалась, и на соборе были приняты роковые решения, которые окончательно закрепили раскол в Русской Церкви. На соборе вновь был поднят вопрос о проведённой Никоном церковной реформе, и участники собора, осудившие самого Никона, не только единодушно утвердили его дело, но и произнесли ещё более тяжкие проклятия на древлеправославных христиан как на еретиков. 13 мая 1667 года на соборе торжественно были преданы проклятию древлеправославные церковные чины и обряды, свято хранимые Русской Церковью до лет патриаршества Никона: «Сие наше соборное повеление и завещание ко всем, вышереченным, чином православным. Предаем и повелеваем всем неизменно хранити и покорятися святой Восточной церкви. Аще ли же кто не послушает повелеваемых от нас и не покорится святой Восточной церкви и сему освященному собору, или начнет прекословити и противлятися нам: и мы таковаго противника данною нам властию от всесвятаго и животворящаго Духа, аще ли будет от освященнаго чина, извергаем и обнажаем его всякаго священнодействия и проклятию предаем. Аще же от мирскаго чина, отлучаем и чужда сотворяем от Отца, и Сына, и Святаго Духа: и проклятию, и анафеме предаем, яко еретика и непокорника, и от православнаго всесочленения и стада, и от церкве Божия отсекаем, дондеже уразумится и возвратится в правду покаянием. А кто не уразумится и не возвратится в правду покаянием, и пребудет во упрямстве своем до скончания своего: да будет и по смерти отлучен, и часть его, и душа со Иудою предателем, и с распеншими Христа жидовы, и со Арием, и со прочими проклятыми еретиками: железо, камение, и древеса да разрушатся, и да растлятся, а той да будет не разрешен и не растлен, и яко тимпан, во веки веков, аминь».