Завоевав царские симпатии, Никон вскоре занял исключительное положение в Москве. В 1649 году он уже рукоположён в митрополиты Новгородские и Великолуцкие, на одну из крупнейших архиерейских кафедр, — на место ещё живого, отправленного на покой в нарушение церковных правил митрополита Аффония. Скорее всего, патриарх Иосиф был против этого вопиющего поступка, поэтому епископскую хиротонию 11 марта 1649 года в Успенском соборе Кремля совершил сам Иерусалимский патриарх Паисий, находившийся тогда в Москве и всячески расхваливавший Новоспасского архимандрита. При хиротонии Паисий пожаловал Никону право носить мантию «с червлеными источниками».
Обычно удаление человека от двора, от «светлых государевых очей» влечёт за собой ослабление его позиций. Однако с Никоном этого не произошло. «Оказалось, что чем он дальше, тем сильнее его притяжение. Царь нуждался в постоянном общении с “собинным другом”. На станциях — ямах — между Москвой и Новгородом не успевали менять лошадей: столь часты были пересылки между царём и митрополитом. Сам Никон пребывал в постоянном движении, почасту наезжая в Москву. Влияние его возросло настолько, что уже ни одно мало-мальски серьёзное дело не обходилось без его совета и благословения» (Андреев).
Добившись архиерейской власти, Никон принялся за введение новшеств в доверенной ему Новгородской земле. Фактически Новгородская епархия превратилась в «испытательный полигон» реформаторов. Никон единолично вершит суд и расправу на Софийском дворе, а вскоре по царскому повелению начинает рассматривать и уголовные дела, причем жестоко расправляется с новгородцами, попробовавшими жаловаться на него царю. «И тако Никон попущением Божиим седе на престоле премудрости Божии, обладаем же властолюбием, надхненною дияволом гордостию, нача умышляти, еже бы что необычное святому уставу и новое вводити, нача древнее церковное пение презирати». Никон запретил в Новгородской епархии распространённое в Русской Церкви «многогласие» и начал борьбу с древним, так называемым хомовым пением. Вместо древнего унисонного пения он завёл в Новгороде партесное — по западному образцу. Впоследствии Никон перенёс это пение и в Москву, выписав польских певцов, певших «согласием органным», а для своего хора — композиции знаменитого в своё время директора капеллы рорантистов в Кракове — Мартина Мильчевского. Царь Алексей Михайлович, услышав певчих митрополита Никона, с которыми тот приезжал в Москву, тотчас завёл такое пение и в своей придворной церкви. Как некогда принятию православия на Руси при великом князе Владимире предшествовало эстетическое впечатление от «ангелоподобного» древневизантийского пения, так и никоновскую «псевдоморфозу» православия предваряло увлечение пением, только уже пением западным, католическим. «И законы и уставы у них латинские, руками машут и главами кивают и ногами топочут, как де обыкли у латинников по органом», — скажет впоследствии о подобном пении протопоп Аввакум.
Подражая духовному лидеру кружка боголюбцев Иоанну Неронову, который «изношаше от сокровищ сердца своего, яже положи в нем Дух Святый, умудрив сеяти семя учения Господня во всем народе несумненно», Никон стал произносить устные проповеди перед своей паствой. Основательно забытая к концу XVI — началу XVII века на Руси, устная проповедь воспринималась в то время как несомненное «новшество».
Так и не сумев завоевать любовь новгородцев, Никон пытался прибегать к популистским мерам: на испрашиваемые у царя средства устраивал богадельни, во время голода организовывал раздачу пищи бедным. «В окно из палаты нищим деньги бросает, едучи по пути нищим золотые мечет! — вспоминал Аввакум. — А мир-от слепой хвалит: государь такой-сякой, миленькой, не бывал такой от веку!» Но и это не помогало: подначальные духовные люди невзлюбили Никона за его чрезмерную строгость и взыскательность, миряне же не питали к нему расположения за его крутой властолюбивый нрав. Особенно требователен он был к окружавшим его людям. Характерен отзыв дворянина Василия Отяева о Никоне: «Лутче бы, де, нам на Новой Земле за Сибирью с князь Иваном Ивановичем Лобановым пропасть, нежели, де, с Новгородским митрополитом, как, де, так, что силою заставливает говеть, никого, де, силою не заставить Богу веровать».
Отправляя Никона на Новгородскую митрополию, царь поручил ему наблюдать не только за духовным, но и за мирским управлением, доносить ему обо всём и давать советы. Результат не замедлил себя ждать: 1 марта 1650 года в Пскове и Новгороде начались народные волнения, переросшие к 15 марта в открытое восстание. Поводом для волнений явился резкий подъём цен на хлеб, вызванный тем, что купец Фёдор Емельянов по поручению правительства произвёл закупки хлеба по высоким ценам для передачи Швеции — в качестве компенсации за уход населения с отошедших к шведам русских земель. 17 марта, в день царских именин, Никон предал проклятию главу восставших новгородцев Ивана Жеглова и всех восставших и укрыл у себя воеводу князя Ф.А. Хилкова, за что был восставшими нещадно избит.