Святительство Иосифа было ознаменовано интенсивной издательской деятельностью и оживлением церковной мысли. Наиболее важным событием патриаршества Иосифа было издание богослужебных и церковноучительных книг в таком количестве, в каком они не издавались ранее. Если при его предшественнике патриархе Иоасафе было издано до 23 исправленных изданий, то при Иосифе — до 38 названий (а всего — 92 издания), причём многие книги вышли несколькими изданиями. По благословению патриарха Иосифа вышло немало новых, никогда прежде не печатавшихся в Москве книг. Это прежде всего целая серия сборников «уставных чтений»: «Паренесис» Ефрема Сирина, поучения аввы Дорофея, «Лествица» Иоанна Лествичника с толкованиями, Большой Соборник из 71 слова, «Благовестник» (Толковое Евангелие) Феофилакта Болгарского. Вышел также ряд изданий, предназначавшихся для полемики с иноверными: Соборник о почитании икон, Кириллова книга, Книга о вере, Краткий катехизис. Главными справщиками при патриархе Иосифе были грамотнейшие люди того времени — протопоп Михаил Рогов, ключарь Успенского собора Иоанн Наседка (в иночестве — старец Иосиф), старец Савватий и миряне Шестой Мартемьянов и Захарий Афанасьев, к которым в 1651 году прибавились архимандрит Сильвестр, а затем Захарий Новиков и Сила Григорьев [16]. Церковные книги, изданные при Иосифе, были последними, отражающими дониконовские редакции текстов и обрядность. Поэтому книги «иосифовой печати» впоследствии высоко ценились и многократно переиздавались старообрядцами.
При патриархе Иосифе было канонизировано множество святых, в том числе произошло открытие мощей преподобного Александра Свирского (1643), благоверного князя Георгия Всеволодовича (1645), преподобного Кирилла Новоезерского (1648), благоверной княгини Анны Кашинской (1649), преподобного Саввы Сторожевского (19 января 1652 года), перенесение в Успенский собор Московского Кремля мощей патриарха Ермогена и патриарха Иова, готовилось торжественное перенесение с Соловков в Москву мощей митрополита Филиппа…
Основной спор между боголюбцами и патриархом Иосифом был вызван проблемой единогласия. Выше уже говорилось, что в богослужебной практике того времени широкое распространение получил принцип многогласия, то есть одновременного отправления различных частей службы с целью сокращения времени богослужения. Часто это приводило к злоупотреблениям, когда смысл читаемых одновременно богослужебных текстов просто не доходил до сознания молящихся. Боголюбцы во главе со Стефаном Внифантьевым решительно выступили за введение в церквах единогласного пения и чтения. Иоанн Неронов ввёл единогласное пение и чтение у себя в Казанском соборе, вслед за ним подобную практику начали вводить в своих приходах новоспасский архимандрит Никон, провинциальные священники Аввакум, Лазарь и другие. Аввакум обличал практику многогласия в своём письме неизвестному в следующих словах: «Последнее напредь поют, а преднее позади. Лесть сию молитву я пред Богом вменяю… Того ради так говорят, чтобы из церкви скорее выйти». В письме к московскому священнику Стефану он писал: «Но токмо, отче, имею мало на тя, яко держиши учение не по преданию отеческому и гнушаешися единогласнаго пения. Се бо есть не православно, но и зело богопротивно. Златоуст нас понуждает единогласно пети во церкви: ищи ево Нравоучение в Беседах Апостолских, по главам найдешь, и егда прочтешь, тогда и сам себе постыдишися… И единогласно пел лет двадцать, и ныне пою Богу моему, дондеже есмь, единогласно».