Ещё одним характерным явлением никоновской реформации стала беспрецедентная в Православной Церкви деканонизация прежде прославленных святых. Она явилась немаловажным звеном в деле реабилитации греков и дискредитации русского дореформенного православия. «Глупы наши святые были и грамоте не умели» — так объясняли свои решения реформаторы. Так, в первые годы после церковного раскола была деканонизирована святая благоверная княгиня Анна Кашинская. Следственная комиссия установила, что персты на нетленных мощах святой были сложены двоеперстно, что и послужило причиной исключения благоверной княгини из лика святых. Были деканонизированы преподобный Евфросин Псковский (в его Житии содержалось предание о «сугубой», двойной аллилуйе), преподобный Евфимий Архангелогородский, святой покровитель города Архангельска (деканонизирован в 1683 году за двуперстное сложение, с которым он изображался на иконах, и за «большую бороду» — один из внешних признаков старообрядцев), преподобный Максим Грек, преподобный Георгий, Шенкурский чудотворец, блаженный Симон Юрьевецкий. Были прекращены службы святому Нифонту, архиепископу Новгородскому, виленским святым мученикам Антонию, Иоанну и Евстафию. В новом богослужебном уставе был понижен статус службы многим русским святым: всенощное бдение праздника преподобного Сергия Радонежского было заменено обычной вечерней службой, точно так же лишились всенощной преподобный Феодосий Печерский и Димитрий Прилуцкий, был понижен статус даже первых русских святых — благоверных князей Бориса и Глеба. Список можно продолжать до бесконечности. Так официальная церковь, по словам историка Б. Кутузова, «потеряла инициативу в историко-национальном воспитании народа. Отечественную историю русский человек преимущественно уже будет познавать не с церковного клироса, а с оперной сцены, через картины мирских живописцев и книги светских писателей. Нетрудно понять, насколько всё это ускорило секуляризацию русского общества».
И действительно, наиболее важным отрицательным последствием никоновской реформации явилось изменение в самом духе Церкви. После Никона новообрядческая церковь утрачивает дух соборности, подпадает под власть государства и вынуждена прогибаться при каждой новой смене правительства, изменяя при этом и приспосабливая к новым веяниям своё учение — вплоть до наших дней. Наподобие католической церкви, новообрядческая церковь разделяется на «церковь учащую» и «церковь учимую». Согласно позднейшему богословию новообрядческой церкви, истинная церковь — это иерархия, епископы и священники, а народ — ничто в церкви, и его дело — беспрекословно подчиняться решениям иерархии, даже если они противоречат духу Христовой веры. Ни о какой выборности священства и епископата, как было в древней Церкви, и речи быть не может. Всё это способствовало появлению в русском народе лжепослушания и лжесмирения. Далее появились и ешё более отвратительные явления в жизни церкви: совершение таинств за деньги, нарушение тайны исповеди (что прямо предписывалось «главой церкви» — императором Петром I), совершение таинств над людьми неверующими, приходящими креститься и венчаться «по традиции» или «на всякий случай», коммерциализация и секуляризация церкви.
Тем самым никоновская реформация положила начало тому широкомасштабному процессу, который правильнее всего было бы назвать «раскрещиванием Руси». Как справедливо отмечал французский исследователь жизни и творчества протопопа Аввакума Пьер Паскаль, «после Никона в России больше не было церкви, там была религия государства. Отсюда оставался лишь один шаг до государственной религии. Государственная религия была введена властью, которая в 1917 году ушла вслед за империей».