Никон ухватился за это дело и раздул его до неимоверных размеров. В июле 1653 года в Крестовой палате у патриарха состоялся церковный собор для суда над Логином. Никон велел отдать его жестокому приставу. За муромского протопопа вступился Иоанн Неронов: «За что его дать за жестокого пристава? Услышит он, пристав, от тебя гнев, и он его уморит. То ли твоя святительская милость к священному чину?» Произошло открытое столкновение между Нероновым и Никоном. Ростовский митрополит Иона и ярославский протопоп Ермил свиде-тельствовали, что на одном из заседаний собора, когда Неронов сказал о необходимости утверждения приговора царём, Никон заявил нечто совершенно неслыханное: «Мне-де царская помощь негодна и ненадобна, да таки-де на нее плюю и сморкаю». Услышав такие слова, митрополит Иона хотел «с места бежать». Неронов отвечал Никону: «Владыко, не дело говоришь, все святые отцы и соборы призывали благочестивых царей и их синклит на помощь себе и православной вере».
На следующем заседании собора Неронов прямо обвинил Никона в превышении власти, однако митрополит Иона и протопоп Ермил, свидетели дерзких высказываний патриарха о царе, от своих показаний отреклись, устрашившись патриаршего гнева. Но Неронов продолжал открыто обличать Никона: «А тебе если кто добра хочет, ты и тех ненавидишь, а которые клеветники и шепотники, и ты тех любишь, и жалуешь, и слушаешь; если тебе на кого наклевещут, хоть за 500—1000 верст, ты веришь. Про богомольцев, со слов клеветников, говоришь, что они нечестивые… Доселе ты друг наш был, а теперь на нас восстал. Иных ты удалил и на их место поставил других, а от них доброго ничего не слыхать».
В продолжение спора Никон сказал, что на Иоанна Неронова поступила челобитная от священников и причетников Казанского собора, обвинявших его в бесчинии. Неронов потребовал прочесть челобитную вслух, а когда её не прочли, бросил в лицо Никону: «Воистину, патриарх, лжешь». Никоновские клевреты накинулись на Неронова: «Как ты можешь называть великого святителя кощунником, празднословцем, мучителем, лжецом?» На это Неронов отвечал: «Вам попустил патриарх говорить пред собой всякие нелепые слова на истинных рабов Божиих, и не знаю, как назвать ваш собор, потому что не заботитесь вы о законе Божием, а занимаетесь укоризнами и поношениями. Что вы кричите и вопите? Я не похулил и не погрешил против Святой Троицы, а я хулю ваш собор. Такие соборы бывали и против Иоанна Златоуста и против Стефана Сурожского».
Наказание не заставило себя ждать. 4 августа Иоанн Неронов был арестован и отдан под начал в Новоспасский монастырь. В тот же день его перевели в Симонов монастырь, где содержали под строгим арестом: домашних к нему не пускали, в Церковь ходить не разрешали, а ночью даже стерегли «со свещами». Через неделю его отвезли на Цареборисовский двор, где били немилостиво, а затем снова привезли в Симонов монастырь и на шею надели цепь. 12 августа в Успенском соборе Иоанна Неронова расстригли (чин совершал крутицкий митрополит Сильвестр), а 13-го сослали под строгий начал в Спасо-Каменный Вологодский монастырь, на Кубенское озеро. «Когда Неронова, в цепях и с цепями на шее, везли из Москвы, толпы народа провожали любимого пастыря до реки Клязьмы. Все плакали. На прощание протопоп сказал своей пастве проповедь и прочитал отрывки из своего любимого “Маргарита” Иоанна Златоуста. Старик мог вполне законно сравнить свою судьбу с судьбой константинопольского патриарха-исповедника, пострадавшего за правду» (Зеньковский). Часть пути от Москвы его провожал протопоп Аввакум.
После ареста Иоанна Неронова протопоп Аввакум фактически оказался во главе старообрядческой оппозиции. Началась открытая борьба членов кружка ревнителей благочестия с новым патриархом. Аввакум проповедует неприятие никоновских новин. «Ну-ка! Воспрянь и исповедуй Христа Сына Божия громко предо всеми! Полно таиться. А хотя и бить станут или жечь, ино и слава Господу Богу о сем. Не задумывайся! С радостью Христа ради постражди! Освятилась земля русская кровью мученическою. Я бы умер, да и паки умер по Христе Бозе нашем».
Современному человеку может показаться странной такая преданность вере, желание умереть за «единый аз». Но не стоит мерить людей другой эпохи своим несовершенным аршином. Если в нынешний век всеобщего религиозного скептицизма и пресловутой «веры в душе» мы чего-то не понимаем, в этом скорее наша слабость, а не преимущество. Не нужно забывать, что в дониконовской Руси верою был пронизан каждый момент жизни человека, а в каждой благочестивой семье был принят почти монастырский уклад. И для искренне верующего человека в делах веры компромисс был невозможен. Нельзя было «для виду» перекреститься по-новому, а «в душе» верить по-старому.