Но и в сушиле Аввакуму не дали дослужить всенощную до конца. Иоанн Данилов незамедлительно донёс о случившемся патриарху, и во время чтения статьи из «Бесед» Иоанна Златоуста Аввакум был взят под стражу Борисом Нелединским со стрельцами. Его стали избивать прямо в епитрахили и волочить за волосы. «Ризы на мне изодрали и святое Евангелие, с налоя сбив, затоптали; и посадя на телегу с чепью, по улицам, ростяня мои руки, не в одну пору возили». Затем его доставили на Патриарший двор, где посадили на цепь. Вместе с Аввакумом были арестованы ещё 33 человека, присутствовавшие на «сушильном богослужении», а также 40 человек, подписавших челобитную в защиту Иоанна Неронова.
В письме к Неронову от 14 сентября 1653 года протопоп Аввакум так описывал произошедшие события: «Не пустили попы у Казанские в церкву и ис придела выбили, по приказу архидьяконову, сказывают. И я, грешник, помянул изгнание великаго светила Златоустаго, и собрался з братиею о Господе в дому твоем в сушиле, после тебя в первое воскресение побдети… И в то время прииде дух от пустыни, обыдоша нас пси мнози, и сонм лукавых обступиша ны, и вскочиша в молитвенный дом Борис Нелединский со стрелцами и книги попраша, а меня почали бить взашей и за волосы драть в патрахели, а братью також перехватали, человек с сорок и болши».
Всех арестованных продержали в тюрьме семь дней и затем отлучили от церкви. Никон «наутрее их проклинал; оне же мужествовав многия ему в глаза плевали. Он же тех безвестно изгубил». Самого Аввакума, закованного в цепи, на рассвете 14 августа, в воскресенье, отвезли в Андроньев Спасов монастырь, что на Яузе, где он находился четыре недели. Здесь его держали в земляной тюрьме, жестоко избивали и морили голодом. «И тут на чепи кинули в темную полатку, ушла в землю, и сидел три дни, ни ел, ни пил; во тьме сидя, кланялся на чепи, не знаю — на восток, не знаю — на запад. Никто ко мне не приходил, токмо мыши, и тараканы, и сверчки кричат, и блох довольно». В Прянишниковском списке «Жития» излагаются ещё более страшные подробности пребывания Аввакума в темнице: «…а меня (Никон) бил по ногам четыре недели по вся дни без милости, от перваго часа до девятаго. И блаженныя памяти Стефан протопоп деньги ему за меня давал за откуп, и на всяк день, зря из ног моих полны голенища крови, плакал, но бесчеловечный он, волк, не умилился, — денег у него не взял. И возил, на чепи посадя на телегу, по Пожару (Красной площади. — К.К.) и по улицам града, растеня мои руки, яко распятова, волочили…».
Но тут произошло то, что Аввакум впоследствии вспоминал как самое настоящее чудо. «Бысть же я в третий день приалчен, — сиречь есть захотел, — и после вечерни ста предо мною, не вем — ангел, не вем — человек, и по се время не знаю, токмо в потемках молитву сотворил и, взяв меня за плечо, с чепью к лавке привел и посадил и лошку в руки дал и хлебца немношко и штец дал похлебать, — зело прикусны, хороши! — и рекл мне: “полно, довлеет ти ко укреплению!” Да и не стало ево. Двери не отворялись, а ево не стало! Дивно только — человек; а что же ангел? ино нечему дивитца — везде не загорожено».
На следующее утро архимандрит с братиею пришли к Аввакуму и вывели его на улицу. «Журят мне, что патриарху не покорился, а я от Писания ево браню да лаю. Сняли большую чепь да малую наложили. Отдали чернцу под начал, велели волочить в церковь. У церкви за волосы дерут, и под бока толкают, и за чепь торгают, и в глаза плюют». Однако мучения и издевательства не сломили железную волю протопопа. Он принимает посланные ему испытания с поистине христианским смирением, молясь за своих обидчиков. «Бог их простит в сий век и в будущий: не их то дело, но сатаны лукаваго».
Во время заточения протопопа Аввакума в Андроньевом монастыре произошло ещё одно чудо:
«Тут же в церкве у них был наш брат подначалной ис Хамовников, пьянъства ради предан бесом, и гараздо бесился, томим от бесов. Аз же зъжалихся, грешной, об нем: в обедню, стоя на чепи, Христа-света и пречистую Богородицу помолил, чтоб ево избавили от бесов. Господь же ево, беднова, и простил: бесов отгнал. Он же целоумен стал, заплакав и ко мне поклонился до земли; я ему заказал, чтоб про меня не сказал никому; людие же не догадалися о сем, учали звонить и молебен петь».
Через десять дней после ареста Аввакума привели на допрос в Патриарший приказ. Вели его пешком, «за рукава, снемши с рук, яко разбойника». На допросе его спрашивали о челобитной в защиту Иоанна Неронова и о «сушильном всенощном бдении». Аввакум отвечал: «У Казанской глава был Иван; и свиньи те, которые разоряют благочестие и подали на него челобитную патриарху». Патриарший архидиакон Григорий долго спорил с Аввакумом и, наконец, выругав его «матерны», велел отвести обратно в Андроньев монастырь.