Торжественный ход праздника был нарушен бунтом, о котором власти позднее вспоминали с содроганием. Вот как об этом сообщается в синодском «объявлении» 1725 года, написанном по поводу отобранной у московских старообрядцев иконы с ликом пустозёрского страдальца:
Итак, совершилось нечто неслыханное! Во время Крещенского водосвятия, когда на кремлёвском холме и по берегам Москвы-реки собрались сотни тысяч людей, включая царя Феодора Алексеевича, противники никоновских реформ устроили разгром в опустевших Успенском и Архангельском соборах — главных храмах государства Российского. «Это был не столько разгром, сколько символическое осквернение. Сальные свечи в церковном обиходе не употреблялись; их считали нечистыми… Дёготь — общеизвестный знак позора, им мажут ворота гулящей девке. В глазах бунтарей официальная церковь утратила непорочность, уподобилась блуднице и не могла претендовать на духовное руководство» (Панченко).
В то же самое время старообрядец Герасим Шапочник поднялся на колокольню Ивана Великого и «метал» оттуда в толпу свитки с политическими карикатурами и «хульными надписями», обличающими царя, светских и духовных властей во главе с патриархом Иоакимом. Как выяснилось, оригиналы на берестяных хартиях изготовил сам протопоп Аввакум. Одна из таких карикатур, выполненная на бумаге, дошла до наших дней. На ней изображён круг «верных», а вне этого круга даны схематические изображения физиономий «вселенских» патриархов Паисия Александрийского и Макария Антиохийского и трёх русских новообрядческих иерархов — Никона, Павла Крутицкого и Илариона Рязанского. Подписи под изображениями гласят: «окаянный», «льстец», «баболюб», «сребролюбец», «продал Христа». Такого публичного позора власти простить не могли. Вскоре последовало решение об учреждении следствия по данному делу.
6 февраля 1682 года, в понедельник, в Москве открылся церковный собор. На нём присутствовали патриарх Иоаким, 8 митрополитов, 3 архиепископа, 1 епископ, 12 архимандритов и 10 игуменов. На рассмотрение собора правительство царя Феодора Алексеевича предложило план широкой, почти что революционной перестройки всей системы русской иерархии, который, впрочем, во всей полноте осуществлён тогда не был. Для противодействия старообрядчеству правительство желало увеличить число архиереев, с подчинением их патриарху и митрополитам, но собор предпочел учредить несколько новых независимых епархий для избежания распри между архиереями об их сравнительной «высости».