На Соборе 1682 года, как и на прежних соборах, делались от царя вопросы или предложения, на которые следовали соборные приговоры. 8 февраля 1682 года царь Феодор Алексеевич в письме собору спрашивал: «Как следует поступать с раскольниками?»
— и получил разрешение собора поступать с ними «по государеву усмотрению». Тем самым собор передал в руки светской власти противодействие старообрядчеству, прося в то же время государя не давать своих грамот на строение вновь пустыней, уничтожить в Москве палатки и амбары с иконами, называемые часовнями, в которых священники совершают молебны по старопечатным книгам, и запретить продажу у Спасских ворот и в других местах «листочков» и «тетрадок» с выписками будто бы из Божественных книг. Вместе с тем особый отдел постановлений собора был направлен непосредственно против защитников древлего благочестия, которым запрещалось собираться на молитвы в частных домах и которых духовенство должно было отсылать к государственному суду для последующего наказания. Царская грамота того же 1682 года давала епископату новые, расширенные полномочия по борьбе с «расколом». Одним из итогов собора стало издание указа о старообрядцах, предписывавшего разыскивать их и сжигать в срубах.Вскоре решения церковного Собора 1682 года, предающие старообрядцев «градскому суду», были воплощены в жизнь. В Пустозёрск был направлен капитан стрелецкого стремянного полка И.С. Лешуков, который провёл спешный сыск по поводу распространения Аввакумом из земляной тюрьмы «злопакостных» и «злохульных» писаний, направленных против царя и новообрядческих иерархов.
14 апреля 1682 года, в Страстную пятницу, по настоянию патриарха Иоакима, Аввакум был сожжён в деревянном срубе вместе со своими единомышленниками и соузниками — священником Лазарем, диаконом Феодором и иноком Епифанием. В литературе об Аввакуме можно часто встретить следующую мотивацию приговора о смертной казни пустозёрских страдальцев: «…за великия на царский дом хулы»
. Однако эти слова взяты не из официального документа, а из записок графа А.А. Матвеева, написанных уже после 1716 года. Что касается официального приговора о казни Аввакума и его соузников, то таковой до сих пор не обнаружен. Вполне возможно, что его попросту не было — расправа творилась втайне, чтобы не вызвать нового возмущения среди последователей древлего благочестия.И подобные опасения были небезосновательны, как покажут последующие события весны — лета 1682 года. «Теперь мы знаем, что крещенская “замятня” была не случайным эпизодом, не актом отчаяния, не предприятием одиночек
, — пишет А.М. Панченко. — Это было грозное предвестие знаменитой “Хованщины”, стрелецкого восстания весны и лета 1682 года. В нём переплелись социальные и конфессиональные мотивы. Активнейшим его участником был любимый ученик Аввакума, посадский человек из Нижнего Новгорода Семён Крашенинников, в иночестве Сергий».К месту казни собрались пустозёрские жители — увидеть и услышать в последний час великих учителей древлеправославия, апостолов Заполярья, и попрощаться с ними. Протопоп Аввакум благословился у своего духовного отца инока Епифания, попрощался со своими соузниками и сам благословил их на предстоящий мученический подвиг. Книги свои и прочее скудное имущество они заранее раздали местным жителям и единомышленникам. Все четверо попрощались с народом и низко поклонились, после чего их привязали по четырём углам деревянного сруба. «И обложиша сруб весь смольем и берестом, и соломою, и смолою, и зажгоша огнем».
Сруб запылал. Горевшие заживо мученики единогласно запели задостойник «Владычице, приими молитву раб Своих». В пламени костра Аввакум сумел высвободить руку и, сложив её в двуперстное крестное знамение, высоко поднял над собой, в последний раз обращаясь к народу: «Будете таким крестом молиться — во веки не погибнете!»