Кирк вместе с другими коммунистами был арестован датской полицией 22 июня 1941 г. Сначала он находился в тюрьме Вестре, а позже был переведен в лагерь Хорсеред. Арест и интернирование, противоречащие датскому законодательству, настроили Кирка весьма враждебно против официальной власти. Мягкий по своему характеру человек, он был непримирим к определенным лицам, представляющим эту власть, особенно к начальнику лагеря Хорсеред А. К. Бентцену и министру юстиции Тюне Якобсену. Бентцен ненавидел Кирка и досаждал ему, как мог; несколько раз ему удалось упрятать Кирка в одиночную камеру тюрьмы Вестре. В ответ Кирк пишет письма-протесты. 21 мая 1942 г. Кирк сообщает министру юстиции, что заключение в одиночную камеру привело к тому, что «его разум притупился и он потерял способность и радость работать». Избранные письма Кирка из лагеря Хорсеред были опубликованы после смерти писателя, они свидетельствуют о его позиции, когда он на собственном опыте познал насилие и столкнулся с нетерпимостью.
В заключении Кирк не прекращает творить. В июле 1941 г. он уведомляет издательство «Гюльдендаль» о своей работе над третьей частью трилогии; для улучшения материального положения своей семьи он переделал давний, написанный в 1929 г. рассказ с названием «Завтрак» в роман «Бургомистр уходит в отставку», изданный в 1941 г. Изображение интриг, бесконечно скучной и однообразной работы в коммунальной конторе, где царит строгая иерархия, позволяет рассматривать этот роман как часть датской литературы 30-х годов, посвященной теме «маленького» человека; в художественном отношении роман связан с поэтикой всего творчества Кирка.
Кирк приступает также к работе над новым произведением, романом «Раб», действие которого относится к XVII веку. Один знакомый библиотекарь помогал ему найти нужные материалы. Но обе рукописи (третья часть дилогии и новый роман) исчезли, по одним сведениям, они пропали во время побега Кирка из лагеря, по другим, были сожжены при занятии лагеря немцами.
29 августа 1943 г. немцы вошли в Хорсеред. В числе немногих заключенных Кирку удалось бежать из лагеря. Он устанавливает контакт с коммунистической партией, пишет в нелегальную прессу.
После освобождения Дании 5 мая 1945 г. Кирк продолжает уже легально работать в коммунистической газете «Ланд ог Фольк». С большим прилежанием он рецензирует многочисленные книги, посвященные периоду оккупации, пытаясь отделить правду от неправды. По его мнению, многие романы о саботажах слишком романтичны, стремятся нагнать страху, и он советует авторам читать «Записки из Мертвого дома» Достоевского, а не ориентироваться на датский роман «Хевдинг Тенге».
В 1946 г. Кирк и Мартин Нильсен подготовили к печати книгу «Процесс по делу Скавениуса». Эта книга — образец актуальной журналистики, она свидетельствует о том, насколько серьезно и творчески Кирк подходил к своему делу. Впрочем, в жанровом отношении послевоенная журналистика продолжает начатое уже в 1937-41 гг. Культурные комментарии стали теперь воскресными. Они превратились в некий дискуссионный форум. Обсуждалось все, что стало злободневным в годы «холодной войны». Полемика с буржуазной прессой носила острый характер.
Кирк пишет также много репортажей, разных по характеру и тематике. В 1946 г. он посетил Фарерские острова, опубликовал несколько статей по истории, географии и политике Фарер, дополнив их интервью и личными наблюдениями. В том же году выходит «Путешествие по стране», составленное из интервью и бесед с трудовыми людьми Дании. С 1956 г. он начал работать над статьями о Дании, 48 статей были напечатаны в журнале потребительского общества «Самвирке». Позже некоторые статьи были собраны в книгу «Путешествие по Дании», вышедшую в 1966 г. после смерти Кирка.
Но Кирк был и остается прежде всего редактором, ответственным за вопросы культуры и литературы. На конференции ДКП по культуре в октябре 1948 г. он возвращается к дискуссии 30-х годов о социалистическом реализме и поясняет свою точку зрения. Он сказал: «Слово (социальное) явно находится под воздействием требования Горького о социалистическом реализме в литературе, понятное в условиях Советского Союза. Но им нельзя пользоваться повсюду без разбору, и я думаю, что выражение социальное искусство относится к “детской болезни левизны”. (…) Неправильное пользование термином таит в себе две опасности. Оно создает, во-первых, широкие возможности для дилетантизма в искусстве. Пример тому социал-демократия, которая за неимением хороших литработников пытается назвать любой роман социальным лишь потому, что среди его героев пребывает много рабочих. Во-вторых, легко может возникнуть впечатление, что мы рассматриваем реалистический роман как единственно возможный и отвергаем все другие формы литературного творчества или считаем их второсортными».