Во время обыска нашли, по мнению властей, сомнительного свойства литературу и револьвер. Всё это изъяли, а самого Энгельгардта, как опасного преступника, препроводили в Петропавловскую крепость и поместили в Алексеевский равелин. Арестовали и жену профессора, и наиболее активных студентов.
Александр Николаевич и его жена уже были на заметке у 3-го отделения, как люди, близкие в начале 1860-х гг. к обществу «Земля и воля».
Одновременно произвели обыск и в Петербургской квартире декана. Изъяли подозрительные бумаги и книги.
Положение декана института усугубилось тем, что информация о студенческих сходках стала известна императору. Чиновники представили дело как имеющее особо важное государственное значение.
Министерство государственных имуществ и Департамент сельского хозяйства поспешили освободиться от ещё недавно так уважаемого ими профессора. 5 декабря 1870 года А.Н. Энгельгардта из института отчислили.
Глава 25. Жизнь третья: опаснейший государственный преступник
В середине января 1871 года следственная комиссия закончила разбирательство и квалифицировала его как «особое… дело о вредном и опасном политическом настроении воспитанников Земледельческого института и о бывших в нём осенью прошлого года противузаконных сходках и собраниях, имевших характер агитационных сборищ».
Главным виновником «крамольных событий» в Земледельческом институте признали А.Н. Энгельгардта. Следственная комиссия установила, что вопреки правилам, регламентировавшим поведение студентов, в институте существовали четыре учреждения – студенческая касса под названием «экономические суммы», студенческая библиотека, кухмистерская и лавочка, которые «при совместном жительстве большей части воспитанников в здании института сплотили их в самостоятельную корпорацию, со своего рода самоуправлением». А для библиотеки «приобретались сочинения преимущественно по социологии», не имеющие ничего общего с учебными руководствами, и что почти у всех обысканных воспитанников института найдены сочинения преимущественно политико-социального и экономического характера. Самой важной частью программы вечеров являлось «чтение статей и обсуждение различных вопросов, имевших исключительно политический и социальный характер». Однако доказать принадлежность Энгельгардта к какой-либо народнической организации так и не удалось.
Председатель «высочайше учрежденной в Санкт-Петербурге следственной комиссии» лично доложил Александру II дело о беспорядках в Петербургском земледельческом институте. Император повелел следующее: Энгельгардту, «принимавшему участие в студенческих сборищах и внушавшему воспитанникам института безнравственность и демократические идеи, воспретить педагогическую деятельность и учредить за ним полицейский надзор. Ввиду же вредного его направления и прежних предосудительных поступков, удалить его из Петербурга и, воспретив выезд за границу, предоставить ему избрать себе место жительства внутри империи за исключением столиц, столичных городов и губерний, где находятся университеты».
У Энгельгардта, как он писал в одном из своих писем, было два выхода: «поселиться «в доме своего богатого родственника в деревне, где бы мне был бы предоставлен полный городской комфорт и где я, отлично обставленный в материальном отношении, мог бы зарыться в книгах и, отрешившись от жизни, сделаться кабинетным ученым, или уехать в своё имение, страшно запущенное, не представляющее никаких удобств для жизни, и заняться там хозяйством. Я выбрал последнее». Именно, незадолго до этого доставшееся ему по наследству имение Батищево – крошечное сельцо в Смоленской губернии.