Опорный пункт русских казаков на Амуре рос и развивался, не давая покоя цинскому Китаю. На Албазин начались набеги маньчжуров. В 1685 году маньчжурской армии, вооруженной артиллерией, удалось разрушить деревянные укрепления острога и добиться ухода албазинцев в Нерчинск. Но в том же году русские казаки вернулись и восстановили крепость, насыпав земляные стены, которым уже не страшны были цинские ядра. С нового похода маньчжуров в 1686 году началось так называемое Албазинское сидение. Сначала цинская армия упорно штурмовала крепость, потом началась блокада, которая продлилась три года. Албазинцы не отступали, несмотря на неравные силы, голод, цингу и потери в боях. Казаки ушли лишь в 1689-м, после подписания Нерчинского договора и согласия России на уничтожение острога.
С Албазином связан и первый православный монастырь на Амуре — Спасский, сожженный во время штурма острога маньчжурами в 1685 году. И именно в Албазин иеромонах Гермоген принес чудотворную Албазинскую икону Божией Матери «Слово плоть бысть» — ныне главную святыню Амурской области, чествование которой установлено Русской православной церковью 9 (22) марта.
Прибыв в Албазин, Пржевальский совершенно неожиданно застал частный пароход, шедший к Амуру, и сел на него. Сразу за поворотом течение реки изменилось — теперь Амур разливался на широкие рукава, образуя острова и старицы. Менялся и характер растительности — хвойные леса постепенно уступали место широколиственным и начали встречаться в причудливом смешении растения, которые в глазах жителя Центральной России выглядели южными и даже субтропическими. Путешественник отмечал, что местные казаки живут относительно хорошо и в мире с инородцами.
«Кроме казаков, на верхнем Амуре встречается два племени инородцев: орочоны, кочующие по Шилке и Амуру до Албазина, и манегры, обитающие далее вниз, почти до устья Зеи[26]
. Как те, так и другие занимаются исключительно охотой и рыбной ловлей, а потому кочуют с места на место, смотря по времени года и условиям своего промысла. Для меновой торговли с русскими купцами орочоны собираются ежегодно в декабре в долину реки Олдоя, одного из левых притоков верхнего Амура, а манегры в то же время приезжают на устье Кумары, куда являются маньчжуры со своими товарами. Во время проезда я часто видал по берегам Амура берестяные юрты этих инородцев, прикочевавших сюда для ловли рыбы, преимущественно осетров (Услыхав шум пароходных колес, вся эта толпа обыкновенно выбегала на песчаный берег и смотрела на нас с изумленным любопытством. Быстро катил мимо них пароход, и вслед за ним опять водворялась безмолвная тишина, постоянно царствующая в здешних местах и только изредка нарушаемая завыванием ветра в вершинах деревьев, журчанием горного ручья или отрывистым криком какого-нибудь зверя и птицы… Но, по мере того как мы спускались к югу, делалась явственно заметна большая теплота климата и большее развитие растительной жизни. Луга уже везде красовались множеством пионов и лилий, а по мокрым местам сплошными полосами великолепного синего касатика; желтоголовник, синюха, ломонос, а по лесам ландыш, водосбор и кукушьи сапожки были также в полном цвету.
Миновав, наконец, известную замечательность верхнего Амура — излучину Улус-Модонскую, где река, сделав дугу в 28 верст, снова подходит версты на две к прежнему месту, мы прибыли 20 июня в город Благовещенск, лежащий в двух верстах выше устьи Зеи».
На момент первого путешествия Пржевальского весь принадлежащий России бассейн Амура был поделен на две области — Амурскую (с центром в Благовещенске), включающую в себя земли по верхнему и среднему течению до впадения в Амур реки Уссури, и Приморскую, включающую в себя земли вдоль нижнего течения Амура, равно как и все побережье Японского и Охотского морей вместе с Камчаткой, Сахалином, Курильскими и Алеутскими островами.
Благовещенск, насчитывавший на тот момент до 3500 душ населения обоего пола, характеризуется Пржевальским как город, не предназначенный для путешественников. Его поражают огромные цены (в 2–3 раза выше привычных ему) на самые простые вещи, отсутствие гостиниц и постоялых дворов, а также то, что отойдя от береговых построек на несколько сотен метров вглубь, город резко обрывается, сменяясь пустой равниной (впрочем, примерно так, — длинными лентами вдоль побережья, — выстроено большинство русских городов, стоящих на крупных реках).