В соответствии с этой гипотезой, в первобытной орде управлял жестокий праотец, обладавший единоличной властью над детьми и женщинами, насильственно подавлявший все попытки его сыновей вмешаться в его управление или изгонявший их из орды. Однажды изгнанные братья объединились между собой, убили и съели своего отца, положив тем самым конец отцовской орде. Ранее они завидовали и боялись праотца. Они находились во власти тех же амбивалентных чувств, которые наблюдаются у современных детей и у невротиков, то есть одновременно ненавидели и любили отца. Теперь же в акте поедания они как бы отождествились с ним и присвоили себе часть его силы. Но, утолив свою ненависть и отождествившись с ним, братья оказались во власти нежных чувств, что породило раскаяние и сознание вины. Они попали в такую психологическую ситуацию, когда под воздействием нежных чувств сами наложили запрет на то, чего так усиленно добивались раньше. В результате осуществления психологического сдвига сыновья на место отца поставили тотем, объявили недопустимым убийство этого тотема как заместителя отца и отказались от освободившихся женщин. Так из сознания вины сына перед отцом были созданы два основных табу тотемизма: запрет на убийство животного-тотема и запрещение инцеста. Последнее имело важное практическое значение, поскольку способствовало сохранению человеческой организации. Первое сопровождалось попыткой создания религии.
Исходя из психоаналитического понимания возникновения тотемизма, Фрейд представил следующую картину становления религиозного верования. К религиозно обоснованному запрещению убивать тотем присоединяется социально обоснованное запрещение убивать брата, что со временем перерастает в заповедь «Не убий». Каждый создает бога по образу своего отца, и бог является нечем иным, как «превознесенным отцом». Тотем был первой формой замены отца, бог – позднейшей, где отец снова приобрел человеческий образ. В дальнейшем развитии религии сохраняется амбивалентность, находящая свое отражение в том, что наряду с сознанием вины сына продолжает существовать сыновнее сопротивление, стремление сына занять место бога-отца. В христианском учении человечество признается в преступном деянии доисторического времени, поскольку искупление его нашло свое отражение в жертвенной смерти сына. Наряду с отцом, сын стал богом, а потом и заменил его, в результате чего «религия сына» сменила «религию отца». Древняя тотемистическая трапеза ожила как причастие, в котором братья вкушают плоть и кровь сына, а не отца.
Выдвинутые Фрейдом представления об истоках возникновения религии вызвали критическое отношение не только у представителей официальной церкви, но и у ряда его последователей, первоначально разделявших взгляды основателя психоанализа, но впоследствии разошедшихся с ним по идейным соображениям, включая те, согласно которым он не понял природу религиозных верований. Среди различного рода аргументов выдвигались соображения о неприемлемости слишком широких обобщений, к которым прибегнул Фрейд в работе «Тотем и табу».
Фрейд не скрывал того, что им были сделаны широкие обобщения. Более того, в конце своей работы он заметил, что чувствует некоторую неуверенность в своих исходных положениях и неудовлетворенность от достигнутых результатов. Однако без подобной смелости в выдвижении гипотез, с которыми выступают исследователи, включая Фрейда, вряд ли возможен прогресс в наших знаниях.