Мозжечок, связанный проводящими путями со всеми другими отделами центральной нервной системы, имеет своей основной функцией координацию движений (он координирует деятельность различных отделов спинного мозга), а также поддержание нормального тонуса мышц. Удаление или поражение мозжечка у животных вызывает: резкое падение тонуса мышц (атонию), которые становятся вялыми; быструю утомляемость животного при движениях (астению), сопровождающуюся резким повышением обмена веществ, не вызываемым обстоятельствами; нарушение координации движений (атаксию), которые становятся неточными и неловкими; дрожательные движения конечностей и головы, мешающие животному правильно выполнять отдельные действия — поднять лапу, схватить зубами еду и т. д.
Продолговатый мозг, являющийся непосредственным продолжением спинного мозга, и примыкающий к нему Варолиев мост содержат центры дыхательных, жевательных, глотательных движений, центры сердечной деятельности, регуляции обмена веществ, а также ряда защитных рефлексов — чихания, кашля, моргания, слезоотделения, сужения и расширения зрачков глаз, рефлексов положения тела, связанных с возбуждением вестибулярного аппарата и с изменениями тонуса шейных мышц, и т. д.
Средний мозг состоит из четверохолмия и ножек мозга; в состав последних входят красные ядра и чёрное вещество, в которых расположены как чувствительные, так и двигательные центры. Функция среднего мозга состоит прежде всего в обеспечении равномерного распределения мышечного тонуса, что достигается осуществляемым красными ядрами соответственным повышением и понижением сократительного тонуса мышц сгибателей и разгибателей.
Чёрное вещество среднего мозга регулирует пластический тонус мышц, благодаря чему конечности животного могут быть приведены в крайне разнообразные положения и удержаны в них. Средний мозг участвует также в осуществлении статических и статокинетических рефлексов. К первым относятся рефлексы позы и выпрямительные, благодаря которым восстанавливается нормальная поза тела при нарушении его правильного положения в пространстве.
Статокинетические рефлексы возникают в связи с ускорением прямолинейного или вращательного движения тела; примерами их являются нистагм (качательные движения) головы, нистагм глаз, движения туловища и конечностей в сторону, противоположную только что сделанному повороту (при остановке вращения, прыжках и т. д.).
К функции среднего мозга относится ряд ориентировочных рефлексов на световые и звуковые раздражители, выражающихся в движениях глаз, ушей, в поворотах головы в сторону раздражителя и т. п. При сильных внезапных раздражениях возникает управляемый четверохолмием рефлекс настораживания. Все перечисленные функции среднего мозга в свою очередь регулируются деятельностью мозжечка и коры больших полушарий, с которыми средний мозг имеет многочисленные и сложные связи.
Промежуточный мозг играет очень важную роль в жизнедеятельности организма. В нём расположены так называемые зрительные бугры, бледное тело и подбугровая область. В зрительные бугры приходят все центростремительные нервы, доставляя сюда возбуждения от всех без исключения рецепторов. С помощью специальных волокон они имеют связь с корой головного мозга: все центростремительные сигналы, получаемые корой головного мозга, обязательно проходят через зрительные бугры. Поражение зрительных бугров приводит к расстройству или даже к потере чувствительности.
В противоположность зрительным буграм бледное тело является средоточием двигательных центров, управляющих разнообразными движениями. Отсюда исходят многочисленные центробежные нервы к различным мышечным группам. Поражение бледного тела приводит к расстройству ряда движений или даже к двигательным параличам.
Бледное тело связано соединительными волокнами с зрительными буграми, благодаря чему большинство рефлекторных дуг замыкается в промежуточном мозгу, не проходя через кору головного мозга. Центростремительные нервные импульсы из зрительных бугров прямо передаются на двигательные центры бледного тела, что и приводит к осуществлению соответствующей двигательной реакции организма. Примером могут служить автоматические движения при ходьбе, беге, при пищевых рефлексах и т. д. У низших животных промежуточный мозг осуществляет сложные цепные рефлексы или инстинктивные действия.
Подбугровая область является высшим органом вегетативной нервной системы. В ней сосредоточены центры обмена веществ в организме, сосудодвигательные, центр теплорегуляции, поддерживающий постоянную температуру тела, и т. д. Благодаря подбугровой области промежуточный мозг осуществляет вегетативные сдвиги, связанные с эмоциональными процессами: изменение частоты дыхания и сердечных сокращений, покраснение или побледнение лица, изменение в деятельности желез внутренней секреции и т. д.