Шереметев симпатизировал царевичу Алексею Петровичу (1690–1718), не участвовал в суде над ним, поскольку не желал осуждать его (дело царевича Алексея рассматривали в Верховном суде в 1718 г.). Шереметев не мог взять на свою душу такой грех, как содействие в вынесении смертного приговора царевичу Алексею. Он считал, что рожден служить своему государю, а не выносить решение о насильственной кончине его сына. Б.Н. Шереметев, утомленный военными походами и болезнями, не поехал (не смог или не захотел) в Петербург на заседание Сената, где должна была решаться участь царевича Алексея. Шереметев не участвовал в вынесении смертного приговора царевичу Алексею. Все члены Верховного суда подписали смертный приговор Алексею, кроме фельдмаршала Б.П. Шереметева и его брата Владимира, не участвовавших в этом заседании. Шереметев, если не желал участвовать в каком-либо скользком деле, обычно говорил, что он болен, и оставался дома; его проверяли, но он умел доказать свою правоту, чем раздражал Петра I.
Шереметев был очень богатым землевладельцем, царь Петр I существенно увеличил его и без того обширные владения за его доблестную службу Отечеству. В 1708 г. Шереметев владел 19 вотчинами, в которых было более 18 тысяч крепостных (мужчин только, а с женщинами, детьми, стариками больше).