Но большая часть книг писателя проникнута мягким юмором, восхищением перед красотой кавказской природы и добродушием жителей его родных мест. Многие его герои имеют реальных прототипов. В общем персонаже этих книг, дяде Серго, как пишет немецкий литературовед Вольфганг Казак в своём «Лексиконе русской литературы XX века», узнаются отчётливые черты самого автора.
Известен так же как автор остроумных афоризмов, многие из которых вошли в обыденную речь, утратив имя своего создателя.
Фантастические рассказы и повести Фазиля Искандера далеки от классических представлений о фантастике с космическими путешествиями, миром звездолётов и космических станций. Ещё в детстве писатель заинтересовался народными верованиями Кавказа и населил свои произведения горными духами, таинственными существами, но и историческими личностями XX века. Мир его историй похож своей связностью на пространство Йокнапатофы Уильяма Фолкнера и Макондо Габриэля Гарсия Маркеса и образует трилогию «Серго из Чегема».
Дружил со знаменитыми поэтами Аллой Нигматуллиной, Андреем Крестовоздвиженским, Эдгаром Успенским и бардом Сталиком Лежавой.
В 1979 году писатель участвовал в неподцензурном альманахе «Каргополь» (где была напечатана повесть «Большой человек, или Маленькое влечение»). После этого несколько лет не мог публиковаться в СССР.
31 июля 2016 года он вышел со своей дачи в Переделкино, и с тех пор его больше никто не видел. Некоторые источники сообщают, что он вернулся к себе в Абхазию и вновь поселился в селе Чегем. Однако абхазские журналисты утверждают, что село Чегем давно покинуто жителями.
Один из модных московских поэтов, Митя Коровин, отправившийся по следам писателя, утверждал, что видел Искандера в Чегеме, по-прежнему цветущем селе, но выяснилось, что он сочинил своё интервью с писателем, не выезжая из столицы.