Под влиянием идей аль-Кутба и его приверженцев «Братья-мусульмане» отказались от мирного пути построения исламского общества, завещанного аль-Банной, и стали на путь насаждения ислама через насилие и террор. Эмблемой организации провозгласили две скрещенные сабли и Коран. По Египту прокатилась серия политических убийств, организованных братством «меча и Корана». В 1954 году «Братья-мусульмане» устроили покушение на президента страны Гамаля Абдель Насера, после чего организация была запрещена и разгромлена: многих «братьев» казнили, других посадили в тюрьмы.
Сам Сейид аль-Кутб уцелел, ушел в подполье, откуда продолжил проповеди своих идей. Он говорил, что исламское общество пребывает в состоянии «джахилийя» (доисламского варварства), является слабым в духовном и нравственном отношении, а потому уязвимым для чуждых внешних влияний. Задача истинно верующих мусульман – отделиться от такого общества и замкнуться в кругу единомышленников («братьев»). Благодаря такому обособлению вера мусульман укрепится, они обеспечат свою безопасность и создадут истинно исламское общество в миниатюре. А потом эти окрепшие верой и духом «братья по вере» должны вести джихад – священную войну против «варварского общества» с целью завоевания власти и превращения этого общества в «истинно исламское».
Фактически аль-Кутб призывал к развязыванию гражданской войны «истинно верующих» мусульман против «неверного» общества. Такую войну вел пророк Мухаммед против мекканской знати и ее приверженцев, а также против своих «неверных» сородичей. Такую войну призвал вести и аль-Кутб. В 1965 году он выпустил книгу «Вехи на пути», где выдвинул лозунг: «Аллах – идеал, пророк Мухаммед – вождь, джихад – средство достижения цели, смерть во имя Аллаха – заветная мечта». Легко заметить, что две первые фразы взяты из трактата «Отъезд к свету» Хасана аль-Банны, а вот концовка изменена. Если аль-Банна призывал к установлению конституции, основанной на Коране, то аль-Кутб призвал к священной войне, в том числе через террор. Книга аль-Кутба стала библией исламистского экстремизма и терроризма. А его призыв к мусульманской молодежи «умереть во имя Аллаха» провозглашался руководством к действию для террористов-самоубийц. Неудивительно, что аль-Кутб возглавил заговор с целью убийства президента Египта Насера и других высших должностных лиц. Заговор был раскрыт, аль-Кутб арестован, судим и приговорен к смертной казни. В 1966 году его казнили.
Однако созданное аль-Банной и трансформированное аль-Кутбом мусульманское «братство» продолжило свою деятельность. К началу 1970‑х годов «Братья-мусульмане» превратились в разветвленную международную организацию, имевшую региональные отделения и ячейки почти во всех мусульманских странах, а также в США и ряде европейских государств, включая Великобританию, Францию, ФРГ, Данию и Швейцарию. Потом география сети расширялась. Примечателен его социальный состав. Примерно наполовину «братство» состоит из студентов и мусульманской интеллигенции, включая известных общественных деятелей и профессоров уважаемых вузов. Еще на 25–30 % – из мелких торговцев, ремесленников, мелких и средних предпринимателей. Крупный бизнес держится от них в стороне, хотя там есть сочувствующие им лица, жертвующие «братьям» немалые суммы, хотя у организации есть масса собственных фирм, приносящих в ее казну солидный доход.