Советская модель жесткого централизованного планирования с самого начала обладала рядом недостатков. Среди них — преобладание значения формальных объемных показателей над всеми остальными оценочными критериями; нерешенность не только проблемы сбалансированности выпуска продукции, но и согласования реальных потоков продукции внутри планового периода в соответствии с графиками работы предприятий-смежников; затухание и искажение информации при движении от уровня предприятия на уровень центральных плановых органов; отсутствие ясных критериев для решения вопроса о структуре выпуска конечной продукции; отсутствие действенных каналов обратной связи потребителя с производителем. Можно убедиться, что все эти недостатки связаны с отсутствием системы отношений, через которую в решение хозяйственных вопросов вовлекалось бы большинство граждан страны, большинство трудящихся. Такая ситуация, в свою очередь, блокировала возможность реального выявления интересов трудящихся и учета этих интересов при принятии хозяйственных решений. А отсутствие вовлечения трудящихся в управление производством делало их не заинтересованными в достижении целей, которые ставились за их спиной, без их участия и без учета их интересов.
При сравнительно небольших масштабах экономики, несложной отраслевой структуре, простой структуре конечного потребления, и пока стояла задача в первую очередь количественного насыщения экономики промышленной продукцией, эти недостатки были еще терпимы. Более того, они перекрывались достоинствами этой модели — способностью к быстрой и масштабной концентрации ресурсов; способностью к быстрому и масштабному межотраслевому перераспределению ресурсов; более полным, чем в рыночной экономике, использованием ресурсов (именно в силу более слабых экономических ограничений для выпуска продукции).
Однако рост масштабов экономики, усложнение отраслевой структуры и структуры потребления, исчерпание задач (а равно и возможностей) экстенсивного роста промышленности привели к ослаблению достоинств советской плановой модели и к усугублению ее недостатков. Вместе с усложнением экономики возросла громоздкость бюрократического аппарата. Это не только осложнило проблему формирования сбалансированного плана выпуска и распределения продукции, не только усилило затухание и искажение информации на разных уровнях плановой системы, но и породило тенденцию к выделению отраслевых органов управления с подчиненными им предприятиями в обособленные ведомственные системы со своими интересами. Тем самым была ослаблена способность плановой системы маневрировать ресурсами, исходя из народнохозяйственных интересов. Централизованные плановые решения стали все больше превращаться в продукт борьбы и компромисса ведомственных интересов.
Для советской модели централизованной плановой экономики была характерна так же слабость внутренних стимулов научно-технического прогресса. Основной импульс технического прогресса обеспечивался на вершине системы централизованного планового руководства, через формирование и осуществление крупных научно-технических программ и соответствующих инвестиционных решений. Однако на уровне отраслевых структур и предприятий этот импульс резко ослабевал. Нацеленность этих структур на формальные объемные плановые показатели делала техническое обновление производства скорее помехой, нежели средством достижения критериев, задаваемых планом. Поэтому технический прогресс в советской модели принял вид наращивания современного технологического потенциала за счет строительства новых предприятий, и торможения технического обновления производства на уже существующих предприятиях.
Другой характерной проблемой советской модели воспроизводства была экономика дефицита. Ее наиболее общей причиной было отсутствие встроенных в систему надежных критериев сбалансированности производства и потребления. Рыночный механизм сбалансирования спроса и предложения через равновесные цены не действовал, а адекватный плановый механизм не сложился. Бюрократической модели планового хозяйства было чуждо обращение к массе потребителей и создание механизмов контроля потребителей за структурой и качеством выпускаемой продукции. Первоначальные попытки создания подобных механизмов через структуры потребительской кооперации были фактически отброшены уже к началу 30-х годов XX века.
Концентрация экономических решений в руках бюрократии вела и к соответствующему распределению прав собственности. Общественная собственность, вопреки распространенному мнению, не была фикцией. Но распределение правомочий в рамках общественной собственности, как и тот факт, что общественная собственность имела форму, прежде всего, государственной собственности, передавали бюрократии практически все правомочия владения и распоряжения, оставляя трудящимся права пользования и участия в доходе от собственности. Однако и к осуществлению этих прав трудящиеся имели доступ не непосредственно, а через отношения государственного патернализма.