Положительно отзывался о Федоре лишь патриарх Иов, который видел в нем разумного политика и образец государя. Все остальные современники и особенно иностранцы были беспощадны к новому царю. Английский посол Флетчер писал: «Царь прост и слабоумен… мало способен к делам политическим и до крайности суеверен». Папский нунций Поссевино писал об идиотизме царя, граничащем с безумием. Польский посол Лев Сапега, вернувшись из Москвы, заявил на сейме: «Напрасно говорят, что у этого государя мало рассудка: я убедился, что он вовсе лишен его».
При царе Федоре постепенно стал исчезать страх, вызванный террором его отца. По этому случаю дьяк Иван Тимофеев записал: «Бояре долго не могли поверить, что царя Ивана нет более в живых, когда же они поняли, что это не во сне, а действительно случилось, через малое время многие из первых благородных вельмож, чьи пути были сомнительны, помазав благоухающим миром свои седины, с гордостью оделись великолепно и, как молодые, начали поступать по своей воле. Как орлы, они с этим обновлением и временной переменой вновь переживали свою юность и, пренебрегая оставшимся после царя сыном Федором, считали, как будто и нет его…»
Перед коронацией началась жестокая борьба сильнейших кланов (родов) за награды и пожалованья, которыми обычно сопровождалось восшествие на престол великих князей московских. Больше всех получил Борис Годунов. Федор возвел шурина в чин конюшего, то есть сделал старшим боярином. В 1565 году царь Иван казнил последнего конюшего — князя А. Б. Горбатого-Шуйского — и упразднил чин конюшего. Восстановление чина конюшего и назначение 32-летнего боярина означало укрепление позиций клана Годуновых. В начале мая 1584 года боярином и дворецким стал Григорий Васильевич Годунов. 31 мая получили боярство Степан и Иван Васильевичи Годуновы. В июне 1584 года и в апреле 1586 года Иван Васильевич Годунов упоминается как «боярин и дворецкий казанский и нижегородский и наместник рязанский». Таким образом, уже к лету 1584 года в Боярской думе было пять бояр Годуновых, трое из которых занимали особые дворцовые должности.
Дума продолжала пополняться сторонниками клана Годуновых. Князья Хворостины всегда были на хорошем счету у Годуновых. В первый же год царствования царя Федора окольничий князь Д. И. Хворостин получил чин боярина, а его брат Ф. И. Хворостин, занимавший должность дворецкого, стал окольничим. К началу 1585 года боярами становятся князья Никита и Тимофей Романовичи Трубецкие, которые были также сторонниками Годуновых. К ноябрю 1585 года чин думного дворянина получил Андрей Петрович Клешнин — человек, преданный Борису Годунову. В 1584 году чин окольничего получил князь Петр Семенович Лобанов-Ростовский, приближенный Годуновых. В 1585 году боярином становится свояк Бориса Годунова, родовитый и богатый князь Иван Михайлович Глинский.
Однако с воцарением Федора существенно усилился и клан Шуйских. Перед коронацией боярство получил Василий Иванович Шуйский. К апрелю 1585 года боярином стал Александр Иванович Шуйский, а в начале следующего года — Дмитрий Иванович Шуйский.
В 1584–1585 годах в Боярской думе оказалось и много сторонников Шуйский. Так, в 1584 году из окольничих в бояре попал Ф. В. Шереметев, а окольничим и царским казначеем стал В. В. Головин.
С началом царствования Федора Шуйские получают богатые кормления и земли. И. П. Шуйский был пожалован в кормление Псковом, «обеима половинами и со псковскими пригороды, и с тамгою, и с кабаки, чего никоторому боярину не давывал государь», и Кинешмой — «городом великим на Волге». Боярин В. Ф. Скопин-Шуйский удостоился «великого государева жалования» — кормления городом Каргополем. Кравчий Д. И. Шуйский получил «в путь» город Гороховец «со всеми крайчего пути доходы». Шуйские присоединили к своим родовым суздальским вотчинам земли своего родственника князя А. Б. Горбатого, конфискованные еще во времена опричнины.
Коронация Федора дает клану Романовых гораздо меньше, чем Годуновым и Шуйским. К сентябрю 1584 года боярство получает князь Федор Михайлович Троекуров, сын которого Иван был женат на Анне Никитичне Юрьевой-Захарьиной. К февралю 1585 года боярином стал князь Иван Васильевич Сицкий, женатый на Евфимии Никитичне Юрьевой-Захарьиной. Одновременно с ним стал боярином князь Федор Дмитриевич Шастунов, женатый на Фетинье Даниловне Захарьиной-Юрьевой.
Сразу после смерти Ивана Грозного возникает союз между Годуновыми и Романовыми-Захарьиными. Союз этот был вынужденным. И те и другие были родственниками царя Федора по женской линии, и для обоих кланов стало бы катастрофой воцарение Димитрия и приход к власти Богдана Бельского и шайки наглых и жадных Нагих.