Первым идейным антицерковным противником, вызвавшим соответствующую апологетическую реакцию, явилась возникшая в 1371 г. в Пскове и скоро достигшая Новгорода ересь т. н. стригольников. Здесь впервые Русская Церковь сталкивается с открытыми выступлениями против церковной иерархии. В 1394 появилось послание против ереси стригольников, которое, как считает архиепископ Филарет (Гумилевский), было написано учеником прп. Сергия Радонежского преподобным Афанасием, проживавшим с 1392 г. в Константинополе. В этом послании, в частности говорится:
Серьезным испытанием для Русской Церкви было появление в Новгороде в последней трети XV века ереси жидовствующих, которая охватила церковные и государственные круги и проникла в народ.
Ересь Матфея Башкина, появившаяся в середине XVI в., во многих положениях была близка к ереси жидовствующих, хотя своими учителями он и называл «латинников», а не иудеев. В переложении его последователей, Феодосия Косого и Игнатия, ересь обрела форму крайнего рационализма. Их учение было обстоятельно разобрано иноком Отенским Зиновием, учеником прп. Максима Грека. В своей книге «Истины показание к вопросившим о новом учении» Зиновий дает обстоятельные разъяснения по многим спорным пунктам, его опровержения хорошо продуманы, аргументация основывается на обширных библейских и исторических материалах. Зиновию принадлежит и другое апологетическое сочинение «Черноризца послание многословное», которое дополняет «Истины показание…» анализом других вероучительных и церковно-практических вопросов, затрагиваемых еретиками.
В XIII-XV в. на Руси появляется много апокрифических книг, пришедших главным образом из Болгарии (апокрифические сказания об Адаме, Енохе, Ламехе, патриархах, «псалмы Соломоновы», «Исаака видение», «Иакова повесть», «Хождение Богородицы по мукам», «Завет 12 патриархов» и др.). Эти произведения, содержащие в себе не мало фантазий, суеверий, астрологических идей и разного рода догматических и нравоучительных заблуждений, встретили ревностное противодействие в лице прп. Максима Грека. У него много произведений и догматико-полемического характера, написанных против иноверцев и еретиков. Пять небольших его статей направлены против иудеев. В «Слове обличительном на эллинскую прелесть» прп. Максим показывает превосходство христианства перед язычеством. Здесь он особенно подчеркивает тот важный факт, что вера Христова распространялась по всей земле не силой оружия, но кротким словом и примером высокой нравственной жизни христиан. Полемике с латинянами были посвящены «Слово против лживого сочинения Николая Немчина о соединении православных с латинянами», «Слово похвальное апостолам Петру и Павлу; здесь же и обличения против латинских трех больших ересей», а также послания боярину Федору Карпову и Николаю Немчину и др. Не обошел своим вниманием прп. Максим и ислам, которому у него посвящены три сочинения. Последнее его произведение — «Слово на арменское зловерие», является опровержением учения монофизитов о том, что Христос на Кресте умер Своим Божеством.