Среди западнорусских апологетов XVI в. привлекает к себе внимание старец Артемий, бывший Троицкий игумен, который вел активную борьбу в Литве с протестантами и арианами. Его письма свидетельствуют о глубоком понимании им христианства. В них автор постоянно ссылается на святых отцов и призывает «испытывать писания» их, они проникнуты духом терпимости и любви.
Другой известный апологет православия в это время на Западе Руси — князь А. Курбский,
Значительную остроту апологетической борьбе придала Брестская уния, в противостоянии которой особенно большую роль сыграли православные братства. При братствах сначала в Вильне и Остроге, затем в Львове, а в начале XVII в. — в Киеве велась активная богословско-полемическая и переводческая работа. Из наиболее деятельных апологетов здесь следует назвать архим. Захарию (Копыстенского) († 1626), прекрасно знавшего святоотеческие творения и боровшегося как с протестантизмом, имевшим в то время большой успех на юго-западе Руси, так и с латинской унией. Его «Палинодия», написанная в ответ на книгу униатского архиеп. Л. Кревзы «Оборона унии», была ярким самостоятельным сочинением, раскрывавшим православное понимание христианского единства.
При митрополите Киевском Петре Могиле († 1647) значительно усиливается духовная и богословская зависимость православной литературы от католических источников. Основанное им училище — Киевская коллегия, была устроена по образцу латинских коллегий, что, естественно, наложило глубокий отпечаток на характер воспитания, преподавания и богословского образования ее учеников. Это сказалось и на апологетических трудах. В Киевской коллегии апологетическое богословие не преподавалось как отдельная дисциплина, но входило в состав лекций по философии, преподаваемой по католическим учебникам.
Некритическое отношение к западной богословской мысли ощутимо сказалось и на «Православном Исповедании» Петра Могилы. В этом катехизисе содержатся откровенно католические идеи. Архиеп. Василий (Кривошеин) называет его
Архим. Иоанникий (Галятовский), ректор Киевской коллегии († 1688), писал не только против иезуитов и униатов («Беседа белоцерковская»; «О происхождении Святого Духа»; «Ответ» на книгу иезуита Скарги «Фундамент веры»), но и против мусульман («Алкоран разрушенный», «Лебедь»), и иудеев («Мессия правдивый»).
Однако большая часть южнорусской апологетической литературы XVI-XVII столетий не отличалась оригинальностью. Для полемики с католиками и униатами православные нередко пользовались протестантскими источниками, а для полемики с протестантами — католическими, что делало православную литературу такой же схоластической и малоэффективной.
Вторая половина XVII в. жизнь Церкви отмечена прежде всего реформами патр. Никона и старообрядческим расколом, породившим напряженную дискуссию. Появляется большое количество противораскольнической литературы, очень неоднородной по своему содержанию и достоинству. Более значимые труды появились в XVIII-XIX веках.
В 1685 г. в Москве открывается Славяно-греко-латинская школа (с 1814 года — Московская духовная академия), положившая начало систематическому богословскому и светскому образованию в России.