Затем Святителя Тихона отозвали в Россию, где он управлял Ярославской епархией, был архиепископом Ярославским и Ростовским. Ярославское светское общество избрало его почетным гражданином Ярославля. Владыка Тихон служил в Ярославской епархии с 1907 г. до начала 1914 г., он отстаивал вопросы церковной свободы, что не всегда устраивало светских администраторов. Из-за конфликта архиепископа Тихона с Ярославским губернатором 49-летнего Святителя перевели в Литву, на Литовскую кафедру (именно губернатор добился перевода неудобного для него архиерея).
Приехав в Вильно в 1914 г., владыка Тихон сделал очень много пожертвований в различные благотворительные учреждения. Это было не совсем обычным в литовском крае, где высоко ценили роскошь, пышность и в меньшей мере уделяли внимание благотворительной деятельности. Владыка Тихон не отступал от подобающего церковного великолепия на службах, в своей жизни оставался добрым и скромным человеком, в равной мере уважительно относился к людям разных национальностей. Святительское служение в Литве было прервано начавшейся в 1914 г. первой мировой войной. Архиепископу Тихону пришлось покинуть епархию в Литве. Вначале он поселился в Москве, а затем в Дисне, на окраине Литовской епархии.