В Древней Руси, в том числе в Московском княжестве, монастырей было мало. Из-за недостатка монастырей в Хотьковском монастыре в то время были отделения и для монахов, и для монахинь (вот почему в одном монастыре смогли жить, приняв монашество, родители Сергия Радонежского). По сути в те далекие времена монастырь объединял мужскую и женскую монашескую общины. В 1504 г. Соборным определением было запрещено жить в одном монастыре мужчинам и женщинам. В 1504 г. монастырь стал женским, в то время в нем были 2 деревянные церкви и 16 монашеских келий. В 1506 г. великий князь московский Василий III назначил обители небольшую ругу – денежное и хлебное содержание. В 1544 г. Хотьковский монастырь был приписан к Троицкому монастырю. В 1609–1610 гг. Хотьковский монастырь сильно пострадал от польско-литовской интервенции; он фактически полностью был сожжен, ведь все постройки в нем были деревянными. В 1640-х гг. в монастыре построили первый каменный собор. В 1764 г. Хотьковский монастырь стал самостоятельным; он был возведен в III класс со штатом в 17 монахинь, хотя в нем жили более 100 сестер. По преданию, царь Петр I выписал из Голландии кружевниц и золотошвеек для обучения их мастерству хотьковских монахинь, которые вскоре стали замечательными мастерицами. С ХVIII в. Хотьковский монастырь уже славился плетением кружев, прядением особо тонких нитей (из которых изготовляли тончайшее полотно), ткаными холстами, вышивкой шелком и золотом. Золотошвейная вышивка и товары рукодельного промысла имели особо большой спрос. Изделия хотьковских мастериц можно было купить в самом монастыре; расходились они на продажу и по всей России, еще более упрочивая славу замечательных мастериц – монахинь из Хотькова.
До 1840-х гг. Хотьковский монастырь был особножительным, это значит, что каждая монахиня обеспечивалась в зависимости от ее труда на благо обители и от ее личного вклада при поступлении в нее. В ХIХ в. в Хотьковском монастыре жили около 400 насельниц. В первой четверти ХIХ в. этому монастырю по штату полагалось иметь 60 монахинь и 60 послушниц, а реально в 1916 г. их было соответственно 70 и 67. С начала ХХ в. Хотьковский монастырь стал выполнять новые для него функции: он стал своего рода тюрьмой или исправительным заведением для женщин. Сюда переводили монахинь из других монастырей, обвиненных в непослушании и несмирении; кроме того, сюда насильно помещали женщин не монахинь, осужденных на «монашеское заключение». Всем этим женщинам назначалось послушание в иконописной мастерской, в церковно-приходской школе, в богадельне для престарелых монахинь, в больнице, в гостинице, в оранжереях, на скотных дворах и в других подразделениях монастырского хозяйства.
В царский период отмечали особенно большой порядок и высокое качество работы существующих при Хотьковском монастыре иконописной мастерской, церковно-приходской школы, богадельни для престарелых монахинь этого монастыря, больницы и каменной гостиницы для богомольцев. Ежегодно в октябре под стенами Хотьковского монастыря проводилась многолюдная Покровская ярмарка (название получившая по соборному храму обители – в честь Покрова Пресвятой Богородицы).
Октябрьский переворот 1917 г. круто изменил ритм жизни обители. В 1918 г. монастырь ограбили, в 1919 г. часть его зданий отдали детской колонии, в 1921 г. официально закрыли. Но даже после своего официального закрытия монастырь фактически существовал под приемлемым для новой власти названием трудовой артели кустарных изделий (они пользовались известностью в стране и за границей). В середине 1920-х гг. здесь еще жили и трудились примерно 160 монахинь, которые пытались сохранить прежний монастырский уклад жизни. К этому времени уже большую часть бывших монастырских зданий занимали службы детской колонии, так называемый детский городок. В 1928 г. артель из монахинь закрыли, а самих тружениц выселили из монастыря. В освободившихся монастырских зданиях разместили фабричные общежития. В начале 1930-х гг. закрыли продолжавшие еще работать монастырские храмы. В 1931 г. последнюю игуменью монастыря (она была ею в 1918–1931 гг.) Варсонофию арестовали, отправили в ссылку в Казахстан, где она умерла. Монастырь постепенно угасал как религиозный центр. В середине 1920-х гг. закрыли Никольский собор, а в 1935 г. – Покровский собор. В монастыре разместили агрономический факультет Института красной профессуры и строительное училище. После Великой Отечественной войны 1941–1945 гг. в Покровском соборе разместили маленький завод «Химбыт». Также в бывшем монастыре открыли школу механизаторов, позже преобразованную в сельскохозяйственный техникум.