В 1616 г. по именной грамоте царя Михаила Федоровича Романова архимандрит Дионисий пересмотрел, исправил, подготовил к печати церковный Потребник. Но этот его добросовестный труд навлек на него недовольство со стороны части духовенства, его подвергли суду и без веских причин осудили к лишению сана. Держали его целых шесть недель в дымном помещении. Но в 1620 г. Дионисию удалось обличить и доказать неправоту своих противников и клеветников в присутствии двух патриархов: Феофана Иерусалимского и Филарета Московского (Ф.Н. Романова). Патриархи его оправдали, он получил похвалу от государя и был возвращен в Троицкий монастырь на управление этой обителью, вернул себе положение архимандрита. Патриарх Феофан Иерусалимский из уважения к архимандриту Дионисию возложил на него собственный клобук. Архимандрит Дионисий умер в 1633 г. Патриарх Филарет велел привезти его тело в Москву и сам в соборе отпел его. Затем тело умершего отвезли в Троицкий монастырь, где его похоронили в южном притворе Троицкого собора, на левой стороне.
Очень многое для развития Троице-Сергиевой Лавры сделали митрополиты Московские Платон и Филарет (последний был причислен Русской Православной Церковью к лику русских святых).
Митрополит Московский Платон (П.Г. Левшин,
1737–1812) происходил из семьи священнослужителей. Он учился в Славяно-греко-латинской академии, затем преподавал в ней пиитику и греческий язык, с 1758 г. (ему 21 г.) преподавал риторику в Троице-Сергиевой Лавре. В 21 год он стал монахом. В 1761 г. (ему 24 г.) его назначили ректором семинарии в Троице-Сергиевой Лавре. В 1763 г. (в 26 лет) он стал наместником Троице-Сергиевой Лавры. В 1775 г. (ему 38 лет), уже в сане архиепископа, он был назначен ректором Московской духовной академии. В 1787 г. (в 50 лет) был возведен в сан митрополита. С 1775 г. до смерти – 37 лет – жизнь и церковное служение митрополита Платона были главным образом связаны с Москвой и Подмосковьем.Митрополит Платон выделялся редкостным красноречием, был всероссийским духовным авторитетом, уважаемым богословом, мудрым человеком европейского масштаба (Вольтер превозносил его красноречие, австрийский император Иосиф II считал его главной достопримечательностью Москвы, императрица Екатерина II восхищалась им, называла законоучителем к ее сыну и наследнику Павлу).