Когда Берт ещё учился на старших курсах, одним из первых заданий для него стала поездка в Финляндию для описания рыжих лесных муравьёв, живущих в разных регионах страны, – с севера на юг. Несмотря на то что эта работа требовала полной отдачи, Берт не мог не обращать внимания и на муравьёв-древоточцев, в том числе принадлежащих к тому же виду, что и особи из-под камня в Оксенфурте. Ностальгии добавляла и близость лесов Карелии, где во время войны его отец находился в трудных (и нередко опасных) условиях. Теперь они стали местом для неторопливого исследования малоизвестной фауны. Большая часть территории Финляндии была и остаётся незаселённой, особенно это касается северной части страны. Изучение финских лесов, наполненных в основном неизученными видами насекомых, окончательно закрепило приверженность Берта полевой биологии.
Всё меньше его привлекала прикладная энтомология, которой уделял особое внимание Карл Гёссвальд, и всё больше – фундаментальные исследования, к которым его подталкивали инстинкты и обучение в раннем возрасте. Примерно через три года после поездки в Финляндию он узнал о программе обучения в аспирантуре Франкфуртского университета под руководством Мартина Линдауэра, одного из наиболее одарённых учеников фон Фриша и фактически интеллектуального преемника великого австрийца. В 1960-х Линдауэр и его протеже оказались в самой гуще новой волны изучения медоносных и безжалых пчёл и Франкфурт стал центром так называемой «школы исследований поведения животных фон Фриша – Линдауэра». Она складывалась не только из квалифицированного персонала, обладающего набором необходимых техник, но и из философии исследований. В основе этой школы лежал всеобъемлющий – и полный
У каждого успешного учёного есть несколько способов уговорить природу выдать свои тайны. Например, у Карла фон Фриша их было два. Первый – тщательный анализ полёта пчёл от улья к цветкам и обратно; за этой частью жизни пчёл было легко наблюдать и манипулировать ею. Второй способ – выработка условного рефлекса, для чего фон Фриш комбинировал разные стимулы, такие как цвет или аромат цветка, с последующей выдачей насекомым сахарного раствора. В дальнейших тестах пчёлы и другие животные будут реагировать на эти раздражители, если те достаточно заметны. Используя эту простую технику, фон Фриш стал первым, кто убедительно продемонстрировал, что насекомые обладают цветным зрением. Он обнаружил, что пчёлы также могут видеть поляризованный свет (люди этой способностью не обладают). Пчёлы используют поляризованный свет для определения положения солнца и ориентирования на местности, даже когда оно скрыто за облаками.
Выполнив требования для получения докторской степени в Вюрцбурге в 1965 году, Берт Хёлльдоблер переехал во Франкфурт, чтобы работать под руководством Мартина Линдауэра. Группа аспирантов и докторантов, к которой он присоединился, состояла из выдающихся молодых учёных, которые впоследствии стали признанными специалистами в поведенческой биологии и изучении социальных насекомых. Среди них были Эдуард Линзенмайр, Хуберт Маркль, Ульрих Машвитц, Рандольф Менцель, Вернер Ратмайер и Рюдигер Венер. Позже Венер перешёл в Цюрихский университет, где стал пионером в области визуальной физиологии и ориентирования пчёл и муравьёв.
В интеллектуальном смысле этот круг стал для Берта настоящим домом. Фон Фриш поощрял свободный характер научных изысканий, поэтому Хёлльдоблер начал работать над новыми проектами в области поведения и экологии муравьёв, которые очаровывали его с детства. В 1969 году он прошёл процедуру хабилитации, эквивалентную второй докторской степени, и получил право стать преподавателем в одном из университетов Германии. После этого он на два года уехал в Гарвард, затем ненадолго стал преподавателем во Франкфуртском университете, а в 1972 году вернулся в США. Так началась основная часть его двадцатилетнего сотрудничества с Эдвардом Уилсоном.